O painel do Gnome fica totalmente transparente quando a janela não é maximizada!

o comportamento em sua pergunta é do tema do shell do usuário.

você deve procurar os valores abaixo em uma folha de estilo que está usando como um tema de shell de usuário.

#panel-->> quando nenhuma janela é maximizada.
#panel.solid -->> quando uma janela é maximizada.

no exemplo abaixo, peguei /usr/share/gnome-shell/theme/ubuntu.csso arquivo no meu Ubuntu 18.04

na linha número 658

/* TOP BAR */
#panel {
  background-color: rgba(0, 0, 0, 0.2);
  /* transition from solid to transparent */
  transition-duration: 500ms;
  font-weight: bold;
  height: 1.86em; }

e na linha número 1950

/* panel color */
#panel.solid {
  background-gradient-direction: vertical;
  background-gradient-start: #58554d;
  background-gradient-end: #3f3e39;
  text-shadow: 0px 0px 2px rgba(0, 0, 0, 0.9);
}

Alterado para

/* TOP BAR */
#panel {
  background-color: green;
  /* transition from solid to transparent */
  transition-duration: 500ms;
  font-weight: bold;
  height: 1.86em; }

e

/* panel color */
#panel.solid {
  background-gradient-direction: vertical;
  background-gradient-start: blue;
  background-gradient-end: blue;
  text-shadow: 0px 0px 2px rgba(0, 0, 0, 0.9);
}

desde que mudei as cores para verde e azul acima. Devo ver a barra superior como cor verde quando nenhuma janela estiver maximizada. e cor azul quando uma janela é maximizada.

Aqui estão algumas capturas de tela.