Eles são próximos, mas não exatamente iguais. A principal diferença é o licenciamento (como você mencionou). As outras diferenças são em torno do espelhamento (a web só pode servir como testemunha), publicação (a web só pode se inscrever) e desempenho (a web não vem com o SQL Profiler).
Há mais diferenças quando você sai do SQL Engine e entra no SSIS, SSAS e SSRS.
Como as versões mais recentes do SQL Server foram lançadas, a comparação de recursos está escondida no MSDN:
Aqui você pode encontrar uma comparação abrangente:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc645993%28SQL.105%29.aspx
Observação: a edição da Web vem com SQL Profiler e estúdio de gerenciamento
Eles são próximos, mas não exatamente iguais. A principal diferença é o licenciamento (como você mencionou). As outras diferenças são em torno do espelhamento (a web só pode servir como testemunha), publicação (a web só pode se inscrever) e desempenho (a web não vem com o SQL Profiler).
Há mais diferenças quando você sai do SQL Engine e entra no SSIS, SSAS e SSRS.
Comparação completa de todas as edições aqui