Não é possível conectar ao MySQL de outro servidor

Tenho dois servidores na mesma sub-rede.

• 192.168.100.1 (mysql)
• 192.168.100.2 (php)

O MySQL parece estar funcionando bem em sua caixa, mas não consigo me conectar a ele. Estas são caixas ubuntu e iptables e ufw não estão em execução. Os comandos a seguir são todos da própria caixa do MySQL. Nenhum deles funciona na .100.2caixa (php).

meu.cnf

#bind-address           = 127.0.0.1
bind-address = 192.168.100.1

netstat diz que isso é verdade:

[email protected] /etc/mysql $ netstat -plutn
Active Internet connections (only servers)
Proto Recv-Q Send-Q Local Address           Foreign Address         State       PID/Program name
tcp        0      0 0.0.0.0:22              0.0.0.0:*               LISTEN      8583/sshd       
tcp        0      0 192.168.100.1:3306      0.0.0.0:*               LISTEN      30654/mysqld    
tcp        0      0 0.0.0.0:2828            0.0.0.0:*               LISTEN      29946/monit     
tcp        0      0 0.0.0.0:1167            0.0.0.0:*               LISTEN      23175/cdp       
tcp6       0      0 :::22                   :::*                    LISTEN      8583/sshd  

telnet diz que é bom

[email protected] /etc/mysql $ telnet 192.168.100.1 3306
Trying 192.168.100.1...
Connected to 192.168.100.1.
Escape character is '^]'.
[
5.5.40-0ubuntu0.12.04.1&KM~Se$!u??L\hw=gp{<Uvrmysql_native_password

!#08S01Got packets out of orderConnection closed by foreign host.

cliente mysql diz que é bom:

[email protected] /etc/mysql $ mysql -uroot -p
Enter password: 
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.

Quando tento me conectar .100.2, não recebo nada da conexão até o tempo limite:

[email protected] /etc/php5/fpm $ mysql -uroot -p -h 192.168.100.1 --connect-timeout 4
Enter password: 
ERROR 2003 (HY000): Can't connect to MySQL server on '192.168.100.1' (4)

Eu posso ping .100.1da .100.2caixa, embora com tempos de resposta sub ms.

Aqui estão as configurações do MySQL Grant:

mysql> SELECT user,host from mysql.user;
+------------------+--------------+
| user             | host         |
+------------------+--------------+
| root             | 127.0.0.1    |
| root             | 192.168.1.%  |
| root             | 192.168.100.%|
| root             | 192.168.200.%|
| root             | ::1          |
| debian-sys-maint | localhost    |
| example          | localhost    |
| o3backup         | localhost    |
| root             | localhost    |
| root             | voice-mysql  |
+------------------+--------------+
10 rows in set (0.00 sec)

Adicionei uma nova concessão para todos os lugares e o problema persiste.

mysql> show grants for 'root'@'%';
+--------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Grants for root@%                                                                                            |
+--------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'root'@'%' IDENTIFIED BY PASSWORD '...' |
+--------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

Atualizar

Acontece que o sistema foi de alguma forma bloqueado por alterações feitas nos arquivos do sistema que eu desconhecia. Aparentemente, estava bloqueando certas operações de rede que não são padrão. É honestamente frustrante que as mesmas pessoas que me deram esta caixa tenham esquecido tudo sobre isso. Sinceramente, não tenho ideia do que eles fizeram e nem eles conseguem se lembrar. No entanto, as respostas listadas aqui são o guia de solução de problemas mais completo para pessoas normais. Deve ter sido um desses problemas.