Obtenha um histórico de uso de CPU/memória

O Monitor de Desempenho do Windows (perfmon) deve fazer o trabalho para você; você pode configurá-lo para registrar em um arquivo, então apenas habilite os contadores que você precisa e ele registrará o quanto você quiser.

• Iniciar > Executar > perfmon
• Pressione o sinal de mais ao lado de Logs e alertas de desempenho
• Clique com o botão direito do mouse em Log do sistema e selecione propriedades.
• Ajuste os tempos de amostragem para o que quiser
• Quando terminar, pressione OK e, em seguida, o sinal de mais na parte superior da janela.

Esta página dá um bom passo a passo com capturas de tela

Eu uso o PolyMon para monitorar esse tipo de coisa. Você pode definir várias condições de "alerta" sobre as quais gostaria de receber notificação, para que eu seja notificado se um dos meus servidores estiver com problemas.

Mas ele também armazena todos esses resultados em um banco de dados de longo prazo, para que eu possa analisar o uso de memória do servidor "X" e ver suas tendências de uso de memória nos últimos N dias/semanas/meses/anos.

http://polymon.codeplex.com/

Você pode considerar o uso de uma solução de monitoramento como zabbix, zenoss para coletar e analisar seus contadores de desempenho.

Cacti é um ótimo programa gráfico baseado em webv. Ele pode representar graficamente CPU, memória, espaço em disco, etc, etc. Também pode ser estendido com seus próprios plugins.

O Process Explorer também mostrará o histórico da CPU.

A solução de código aberto Nagios também faz isso:

• Como faço para monitorar o uso da CPU e da memória com o Nagios?

  http://www.kernelhardware.org/nagios-nsclient-to-monitor-remote-windows-server/

Sim, perfmon ("Monitor de Desempenho" no Painel de Controle)