Arquivos de dados Mongodb corrompidos quando copiados em

Tenho certeza de que existe uma solução direta, estou executando um serviço Mongodb da seguinte forma:

[Unit]
Description=Mongo server for Open Quartermaster. Version ${version}, using MongoDB tagged to "4".
Documentation=https://github.com/Epic-Breakfast-Productions/OpenQuarterMaster/tree/main/software/Infrastructure
After=docker.service
Wants=network-online.target docker.socket
Requires=docker.socket

[Service]
Type=simple
Restart=always
TimeoutSec=5m

#ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker container inspect oqm_mongo 2> /dev/null || "
ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker stop -t 10 oqm_infra_mongo || echo 'Could not stop mongo container'"
ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker rm oqm_infra_mongo || echo 'Could not remove mongo container'"
ExecStartPre=/bin/bash -c "/usr/bin/docker pull mongo:4"

ExecStart=/bin/bash -c "/usr/bin/docker run \
                                 --name oqm_infra_mongo \
                                 -p=27017:27017 \
                                 -v /data/oqm/db/mongo/:/data/db  \
                                 mongo:4 mongod --replSet rs0"
ExecStartPost=/bin/bash -c "running=\"false\"; \
                            while [ \"$running\" != \"true\" ]; do \
                                sleep 1s; \
                                /usr/bin/docker exec oqm_infra_mongo mongo --eval \"\"; \
                                if [ \"$?\" = \"0\" ]; then \
                                    echo \"Mongo container running and available!\"; \
                                    running=\"true\"; \
                                fi \
                            done \
                            "
ExecStartPost=/bin/bash -c "/usr/bin/docker exec oqm_infra_mongo mongo --eval \"rs.initiate({'_id':'rs0', 'members':[{'_id':0,'host':'localhost:27017'}]})\" || echo 'Probably already initialized.'"

ExecStop=/bin/bash -c "/usr/bin/docker stop -t 10 oqm_infra_mongo || echo 'Could not stop mongo container'"
ExecStopPost=/bin/bash -c "/usr/bin/docker rm oqm_infra_mongo || echo 'Could not remove mongo container'"

[Install]
WantedBy=multi-user.target

Estou fazendo com que o docker mapeie o diretório /data/oqm/db/mongo/ do host e parece que isso funciona bem; olhando do host, vejo o diretório preenchido quando executado. Essa configuração parece funcionar bem entre as reinicializações e persiste bem.

No entanto, quando tento fazer backup e restaurar os dados copiando os dados neste diretório e voltando, ao tentar trazer o serviço de volta, Mongo vomita, alegando que os dados estão corrompidos. Alguma ideia?

Para esclarecer, meu backup e restauração acontecem quando o serviço é interrompido e consiste em:

Fazendo backup:

1. Parando o serviço (usando systemd)
2. Copiando os arquivos no diretório de dados
3. Iniciando o backup do serviço (usando systemd)

Restaurando:

1. Parando o serviço (usando systemd)
2. nuking os arquivos existentes no diretório de dados
3. copiando de volta os arquivos copiados anteriormente
4. Iniciando o serviço (usando systemd) (falha)

Estou tentando este método, pois geralmente é descrito nos documentos: https://www.mongodb.com/docs/manual/core/backups/#back-up-with-cp-or-rsync

Trecho dos logs de erro:

May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.275+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22315,   "ctx":"initandlisten","msg":"Opening WiredTiger","attr":{"config":"create,cache_size=11224M,session_max=33000,eviction=(threads_min=4,threads_max=4),config_base=false,statistics=(fast),log=(enabled=true,archive=true,path=journal,compressor=snappy),file_manager=(close_idle_time=100000,close_scan_interval=10,close_handle_minimum=250),statistics_log=(wait=0),verbose=[recovery_progress,checkpoint_progress,compact_progress],"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.686+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22430,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger message","attr":{"message":"[1685192819:686027][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: [WT_VERB_RECOVERY_PROGRESS] Recovering log 1 through 3"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.719+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22430,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger message","attr":{"message":"[1685192819:719823][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: [WT_VERB_RECOVERY_PROGRESS] Recovering log 2 through 3"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.749+00:00"},"s":"I",  "c":"STORAGE",  "id":22430,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger message","attr":{"message":"[1685192819:749492][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: [WT_VERB_RECOVERY_PROGRESS] Recovering log 3 through 3"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.801+00:00"},"s":"E",  "c":"STORAGE",  "id":22435,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger error","attr":{"error":-31804,"message":"[1685192819:801911][1:0x7fefd1197cc0], txn-recover: __recovery_setup_file, 643: metadata corruption: files file:collection-0-6243490866083295563.wt and file:collection-0--9007965794334803376.wt have the same file ID 4: WT_PANIC: WiredTiger library panic"}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.801+00:00"},"s":"F",  "c":"-",        "id":23089,   "ctx":"initandlisten","msg":"Fatal assertion","attr":{"msgid":50853,"file":"src/mongo/db/storage/wiredtiger/wiredtiger_util.cpp","line":481}}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.802+00:00"},"s":"F",  "c":"-",        "id":23090,   "ctx":"initandlisten","msg":"\n\n***aborting after fassert() failure\n\n"}
May 27 09:06:59 oqm-dev bash[41304]: {"t":{"$date":"2023-05-27T13:06:59.802+00:00"},"s":"F",  "c":"CONTROL",  "id":4757800, "ctx":"initandlisten","msg":"Writing fatal message","attr":{"message":"Got signal: 6 (Aborted).\n"}}

Atualização: depois que foi sugerido, verifiquei novamente se as permissões estão sendo preservadas e definitivamente estão sendo preservadas agora. Infelizmente, ainda atingindo o mesmo problema