Opções que me ocorreram:
Uma grande declaração de exclusão. Por exemplo:
delete from x where (y = 'x' and x = 'y') or (y = 'a' and x = 'b')
Igual ao anterior, mas em pedaços menores, 10k de cada vez?
Crie um procedimento armazenado para que tudo o que estou enviando sejam os dois valores de consulta.