Tenho script para criptografar colunas na tabela. >200 mil linhas. Em 100k está funcionando.
UPDATE table
SET col1 = TO_BASE64(AES_ENCRYPT(col1, @keyBase, @static_iv)),
col2 = TO_BASE64(AES_ENCRYPT(col2 , @keyBase, @static_iv))
Editar: reproduzi isso em um exemplo mais simples (> 200 mil registros):
UPDATE table
SET col1 = '1'