A pergunta praticamente diz tudo. Estamos falando do MySQL aqui, versão 5.1.
O que estou querendo saber é se isso significaria estritamente que as linhas foram excluídas ou se existem outros cenários possíveis que poderiam causar isso: bloqueio estranho ou condições de corrida etc. que forçam o IDcontador da tabela a incrementar várias vezes para uma única inserção.