Quais são as práticas recomendadas para executar o SQL Server em uma máquina virtual?

Tal como acontece com as máquinas físicas, IO é rei. Haverá um impacto perceptível de IO da virtualização (quanto de um hit depende da tecnologia que você escolher), portanto, certifique-se de não fazer nada que possa exacerbar isso e prejudicar ainda mais o desempenho do IO.

• Sempre use tamanho fixo, não discos virtuais dinâmicos e certifique-se de que as unidades/matrizes subjacentes sejam suficientes. Os vdisks dinâmicos têm menos desempenho do que os de tamanho fixo.
• Se os dados nas VMs não forem de missão crítica, ative a capacidade das soluções de VM de armazenar gravações em cache (mentindo efetivamente para o sistema operacional convidado sobre quando as coisas são gravadas fisicamente no disco) para desempenho extra. Isso é útil para uma máquina de desenvolvimento e teste onde os dados são facilmente substituídos, ou réplicas somente leitura locais para o mestre que podem ser recriadas se tiverem algum problema, mas é recomendável que essas opções permaneçam desativadas para produção e sistemas de backup como eles aumentam a chance de perda de dados (ou pior, corrupção) se a máquina desligar inesperadamente.
• Certifique-se de que cada VM tenha RAM suficiente dedicada a ela, de modo que o conjunto de trabalho normal de cada banco de dados caiba na memória com uma boa quantidade de espaço de sobra para evitar E/S desnecessários. Além disso, certifique-se de que o hypervisor não irá paginar a RAM das VMs a qualquer momento (por exemplo, a maioria dos produtos VMWare pode fazer isso, o que permite que você execute um conjunto maior de VMs do que seria possível no mesmo hardware, mas a degradação do desempenho pode ser massivo - há uma opção para ajustar ou desativar esse comportamento).
• Se o host usar matrizes RAID5, considere mudar para RAID10. Isso reduzirá o espaço disponível, mas removerá os problemas de desempenho de gravação que podem ser aparentes com RAID5 (ou 6).
• Para VMs com probabilidade de ver muita atividade de E/S, considere fornecer a elas sua própria unidade ou matriz, ou apenas fazer com que compartilhem sua(s) unidade(s)/matriz(ões) com dados que apresentam baixa atividade.

Claro, se todo o seu banco de dados (e tudo o mais que a VM está executando) se encaixa na RAM alocada para a VM e vê muito pouca atividade de gravação, o desempenho do IO pode ser um problema muito menor.

Edit: mais alguns pontos:

• Se estiver usando discos virtuais, certifique-se de que o melhor tipo de controlador seja usado para desempenho. Algumas soluções de virtualização oferecem vários tipos de controlador virtual para melhor compatibilidade com o convidado e você pode achar alguns menos eficientes do que outros devido a limitações de protocolo no design que estão emulando e limitações nos drivers do sistema operacional convidado.
• Se sua solução de virtualização oferece drivers específicos para o controlador de unidade virtual, certifique-se de que seu sistema operacional convidado os esteja usando - eles podem acelerar o IO em massa, reduzindo o número de cópias de memória para memória e host <-> hipervisor <-> contexto de convidado interruptores envolvidos em algumas operações.
• Os dois pontos acima se aplicam se você estiver usando armazenamento de rede, como compartilhamentos SMB simples ou iSCSI também: certifique-se de estar usando o controlador de rede virtual mais eficiente disponível e de que seu sistema operacional convidado esteja usando o driver recomendado para ele, caso contrário, ambos os problemas de latência e a largura de banda pode ser mais limitada do que o necessário pela camada de virtualização.