Meu entendimento é que o mysqlhotcopy funciona de maneira muito semelhante ao rsync.
Em um de nossos servidores, o backup do arquivo de banco de dados usando rsync leva cerca de 15 minutos para dados de 50 GB.
Fazer backup dos mesmos dados usando mysqlhotcopy leva cerca de 30 minutos.
Por que o mysqlhotcopy é significativamente mais lento?
O rsync não possui nenhuma pegadinha específica do MySQL a ser observada. O rsync pode copiar literalmente qualquer coisa com impunidade.
mysqlhotcopy tem que observar as oportunidades de bloquear arquivos que podem atrasar o tempo de início real da cópia.
Eu escrevi um post anterior contrastando rsync e XtraBackup ao longo desta linha de raciocínio
Também escrevi um post sobre como copiar usando rsync em um servidor mysql em execução com um breve tempo de inatividade .
Aqui está a postagem que fiz no ServerFault
Aqui está mais um post em ServerFault, com código de exemplo!!!