Fiz backup do meu certificado EFS (.pfx) junto com a senha que usei para ele. E então segui este tutorial para restaurá-lo, o que parecia bastante simples. Não encontrei nenhum erro ao restaurar o certificado. Porém, quando tento acessar os arquivos criptografados, aparece esta mensagem:
Há mais alguma coisa que estou perdendo?
Não estava fazendo nada de errado em termos de procedimento, apenas confundi o certificado que estava usando. Obrigado aos comentários de @Ramhound que me fizeram verificar novamente.