O que acontece se eu usar um código de registro do Windows duas vezes?

Assim, ambas as instalações receberam códigos de registro genéricos idênticos durante o processo de ativação, então não consigo mais ler os códigos de registro originais com a ajuda de ferramentas dedicadas (já estive lá, tentei isso)

Isso é perfeitamente normal. Cada sistema que foi atualizado para o Windows 10 a partir de uma versão anterior qualificada do Windows obteve a mesma licença genérica específica do Windows 10.

Não pode ser usado para instalar o Windows 10 ou Windows 11, mas devido ao direito digital vinculado à máquina, também é desnecessário inserir um código de licença durante a instalação do Windows 10 ou Windows 11

Agora estou prestes a fazer uma alteração de hardware no computador B e quero fazer uma nova instalação completa usando o Windows 10 ou (de preferência) o Windows 11.

A menos que você esteja falando da placa-mãe, que está sempre vinculada à licença OEM, isso não deve ser um problema.

O antigo caminho de atualização agora está fechado, mas pelo que entendi, meus antigos códigos de registro do Windows 7 ainda são elegíveis para uma nova instalação do Windows 10/11, uma vez que já foram vinculados aos códigos genéricos nos servidores de ativação da Microsoft ao fazer o Windows 10 instalações - corrija-me, se eu estiver errado

A chave de licença genérica que você possui não pode ser usada para instalar nenhuma versão do Windows. Além disso, o Windows 10 parou de aceitar licenças do Windows 7 durante o processo de instalação, há mais de um ano. É claro que, devido ao direito digital permanente, é desnecessário inserir uma chave de licença para instalar o Windows 10 em seus sistemas.

Minha pergunta agora é: o que acontece se eu ativar acidentalmente a nova instalação do Windows 10/11 no computador B com o código que ainda está em uso no computador A? Ambos podem entrar na lista negra? Ou existe a chance de trocar os dois nesse caso?

Você não pode ativar acidentalmente um sistema Windows. As chaves de licença não estão na lista negra. Os direitos digitais não podem ser transferidos para outro sistema. As chaves do Windows 7, hoje, não podem ser usadas para instalar o Windows 10 ou Windows 11. As licenças OEM do Windows 7 não podem ser transferidas para novos sistemas. A titularidade digital para cada um dos seus sistemas é permanente e independente um do outro e não pode ser revogada, mas também não pode ser transferida para outro sistema.

Você pode simplesmente instalar o Windows 10 nesses sistemas e depois atualizar para o Windows 11, desde que estejam executando hardware compatível.