Isso está relacionado a ter uma unidade portátil em um formato acessível para leitura e gravação em diferentes sistemas operacionais. Por exemplo, o NTFS pode ser acessado no Windows, é claro, no Linux com bastante facilidade e no macOS não tão facilmente, mas possível. Esses três manipulam permissões e atributos estendidos de maneiras diferentes. É possível que um arquivo, um diretório ou vários deles fiquem inacessíveis por causa das permissões ou dos atributos estendidos?
Gravar dados do Win, Mac ou nix em NTFS, HFS+, APFS ou ExtFS não representará nenhum risco à segurança dos dados, desde que você tenha o software de leitura/gravação apropriado instalado em cada um.
As permissões podem ser perdidas/afetadas/ignoradas, mas os dados em si estão seguros.
No entanto, gravar dados do Mac ou Win em qualquer formato FAT pode levar à perda de dados.
Para o Windows, isso seria como fluxos de dados alternativos em arquivos multimídia.
Para Mac, isso pode resultar na perda total de dados de projetos lógicos ou bibliotecas de fotos.
O FAT não pode usar links simbólicos ou hard links, bem como atributos estendidos, permissões e fluxos de dados. É bom para arquivos simples, não é bom para mais nada.
O único problema realmente significativo seria o recurso de criptografia de arquivo (EFS, não BitLocker) integrado ao NTFS no Windows; você deve ter cuidado para não habilitá-lo acidentalmente para um arquivo, pois ele armazenaria a chave de criptografia naquele computador específico (entre "Certificados"); um arquivo marcado como 'Criptografado' só pode ser acessado onde a chave foi importada (como um arquivo PFX) e geralmente apenas no Windows.
Quanto ao resto - embora as permissões de arquivo comuns possam causar dificuldades, elas não farão com que os dados desapareçam completamente; no máximo, você obtém uma falha de "Permissão negada", que sempre pode ser ignorada. Como você observou, é o sistema operacional que lida com as permissões de arquivo, não o próprio disco, e geralmente você pode pedir ao sistema operacional para ignorá-los. (O Linux tem acesso root, o Windows tem operações de 'backup' e 'apropriação', etc.) Na verdade, todos os drivers NTFS do Linux ignoram completamente as ACLs NTFS.
O mesmo vale para atributos estendidos. A maioria deles não influencia o acesso e apenas contém metadados; os que o fazem (por exemplo, os atributos específicos que contêm ACLs Linux ou nomes de contexto SELinux) podem ser ignorados da mesma forma que as permissões.
É a falta de atributos estendidos que pode, em teoria, levar à perda de dados, caso um programa dependa da preservação deles – o que pode ser o caso de alguns softwares macOS (veja os comentários de Tetsujin), especialmente aplicativos mais antigos que dependem de " garfos de recursos" ou outras peculiaridades do HFS; embora o NTFS seja tecnicamente capaz de armazenar qualquer tipo de metadados (incluindo forks do macOS, xattrs ou permissões do Linux), os drivers NTFS do macOS podem não se preocupar em armazenar ou representar tudo corretamente. (Programas no Windows ou Linux praticamente nunca usam xattrs para algo crítico.)
A resposta curta é sim.
As especificidades dependem do sistema de arquivos, mas se os arquivos puderem ser lidos apenas por um determinado usuário/grupo e alguém que não seja esse usuário/grupo (e geralmente, mas nem sempre, a conta do administrador) tentar lê-los - incluindo software de backup não executado como esse usuário - ele não fará backup dos arquivos.
Tenho quase certeza de que o sistema de arquivos FAT/VFAT mais antigo não possui permissões incorporadas a ele, portanto, torna-se uma proposta de backup "tudo ou nada" nesse sistema de arquivos, às vezes tornando-o uma boa escolha.
Não,
A perda de dados por meio de atributos não ocorre nos computadores.
Use Fat32 ou NTFS, não afetará a legibilidade dos dados.
A adição de atributos na montagem no OSX adicionará um diretório ".resource/", mas não há possibilidade (além do uso normal) de perda de dados.
Não garanto as gravações, pois essa é uma função específica do driver.
Mas a leitura é universal.