Como a maioria dos sistemas operacionais executados em um disco rígido fica mais rápido com cada memória de disco rígido livre, tenho um cenário em que, se eu tiver dois discos rígidos e o disco rígido principal tiver apenas o sistema operacional e o outro espaço estiver livre, e um disco rígido secundário que aceita instalações de programas e armazenamento de arquivos, como um sistema configurado dessa maneira funcionará em relação a um sistema que usa um único disco rígido e foi particionado e tem o sistema operacional instalado em qualquer uma das partições?
Provavelmente não é tão diferente em aplicativos do mundo real, tbh. Uma vez que o sistema operacional foi totalmente inicializado, ele não faz muita leitura e gravação do disco rígido e definitivamente não o suficiente para que o volume de leituras/gravações seja o gargalo. Se você ficaria congestionado em uma unidade, provavelmente é porque você está carregando muitos dados de uma só vez de um local , por exemplo, ao instalar um programa, e isso ocorreria em uma unidade em seu sistema proposto.
Tudo isso supondo que você esteja usando "discos rígidos" (HDDs), conforme descrito na pergunta. Se fossem SSDs, a situação seria diferente. Os SSDs podem ficar muito mais lentos quando estão mais de 75% cheios, porque a maioria dos SSDs atualmente armazena vários dados por célula e eles precisam "mover" os dados "sobre" o que você está acessando para chegar aos dados abaixo. Portanto, manter os SSDs abaixo de 75% de uso provavelmente acelerará o sistema . Se um SSD estiver cheio, usar 2 pode tornar seu sistema mais rápido.