O e-mail da minha empresa é o Office365 e eu o uso através do Thunderbird há anos sem problemas (sérios).
Não alterei nenhuma configuração nem nada, mas ontem abri o Thunderbird no meu computador de trabalho e todas as pastas desapareceram, exceto Caixa de entrada e Itens excluídos.
Para ver se era apenas aquele computador, tentei em um computador doméstico e aconteceu a mesma coisa. Ambos estão executando o TB 52.9.1 (para usar o addon AttachmentExtractor). Essa máquina também possui o Gmail IMAP, que não apresenta esses problemas.
Meu computador doméstico principal está executando o TB 78.10.2, então pensei que talvez fosse uma versão, e fiz backup de toda a minha pasta ImapMail e executei isso, e novamente todas as pastas, exceto Caixa de entrada e Itens excluídos, desapareceram.
A única coisa no console de erro são 6 instâncias de NS_ERROR_FILE_UNRECOGNIZED_PATH … nsIXPCComponents_Utils.readUTF8URI
Se eu clicar em Assinar... ele mostra todas as pastas como não assinadas, mas se eu clicar em Assinar nelas, nada acontece.
Todas as pastas ainda existem em https://outlook.office.com/
Se eu assinar uma pasta e reiniciar o Thunderbird, a pasta aparece por um segundo e depois desaparece. Não há erros no console de erros com carimbos de data/hora no momento em que desaparece.
Você já tentou configurar sua conta em outros clientes de email para teste (como o cliente Windows Mail)?
Parece que o Thunderbird tem problemas de compatibilidade ao sincronizar com sua conta IMAP, encontrei um blog semelhante que mencionava desabilitar "Mostrar apenas pastas assinadas" pode funcionar para isso, tente desmarcar esta opção para testar se você não tentou.