Os arquivos transitam pelo sistema A quando do sistema A do Windows eu inicio uma cópia do arquivo de \systemB\c$\folder1 para \systemB\c$\folder2?
Não é um grande problema quando os arquivos são pequenos e não numerosos, mas por outro lado, vale a pena remotamente para a máquina? Ou o Windows é inteligente o suficiente para apenas ordenar que o systemB faça a própria operação de cópia?
Em uma cópia, os arquivos passam pelo sistema A, mas na RAM. Nenhuma cópia local no disco. Você economizará tempo com arquivos grandes ou numerosos se acessar remotamente o sistema B. Se a origem e o destino estiverem no mesmo compartilhamento, mover (em vez de copiar) um arquivo não requer uma viagem de ida e volta, porque o sistema operacional apenas atualiza o referências no sistema de arquivos.
O comando copy funciona no computador em que foi invocado. Então, sim, isso pode ser lento; O Windows não é inteligente e obedecerá aos comandos ao pé da letra.
Para um arquivo grande, vale a pena fazer login remoto no systemB para fazer a cópia.