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con's questions

Martin Hope
con
Asked: 2024-07-02 09:07:41 +0800 CST
  • 5

Tenho um código muito simples que analisa um nome de arquivo:

#!/usr/bin/env perl

use 5.040;
use warnings FATAL => 'all';
use autodie ':default';

my $string = '/home/con/bio.data/blastdb/phytophthora.infestans.KR_2_A2/GCA_012552325.1.protein.faa';

if ($string =~ m/blastdb\/(\w)\w+\.([\w\.]+)/) {
    my $rest = $2; # $1 would be valid here
    $rest =~ s/\./ /g;
    my $name = "$1.$rest"; # $1 disappears here
}

o código acima falha comUse of uninitialized value $1 in concatenation (.) or string

Porém, se eu salvar $1em uma variável, por exemplo $g, a informação não será perdida.

if ($string =~ m/blastdb\/(\w)\w+\.([\w\.]+)/) {
    my ($g, $rest) = ($1, $2);
    $rest =~ s/\./ /g;
    my $name = "$g.$rest";
}

Então eu posso consertar isso.

No entanto, $1não deveria simplesmente desaparecer assim, não deveria $1permanecer válido enquanto estiver no escopo? Isso é um bug no Perl? ou há alguma regra em https://perldoc.perl.org/perlretut que eu perdi?

regex
Martin Hope
con
Asked: 2024-02-19 21:05:34 +0800 CST
  • 5

Estou tentando fazer gráficos de densidade em linhas. A parte desafiadora é que cada um dos gráficos deve ter o mesmo mínimo e máximo de escala de cores, e não sei de antemão quais são o mínimo e o máximo. Devo traçar os valores primeiro para descobrir o mínimo e o máximo, remover esses gráficos e depois fazer novos com o mínimo/máximo determinado.

Algo assim, mas com hist2d e em linhas (imagem de outra página SO): insira a descrição da imagem aqui

Eu criei um exemplo de trabalho mínimo baseado em Como ter uma barra de cores para todas as subparcelas , vmin e vmax em hist2d

e esta solução do "SpinUp __ A Davis", que não vejo como posso implementar com dados reais:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

fig, axes = plt.subplots(nrows=1, ncols=3)
for ax in axes.flat: # I don't see how to implement this part with real data
    im = ax.imshow(np.random.random((10,10)), vmin=0, vmax=1)

fig.colorbar(im, ax=axes.ravel().tolist())

plt.show()

mas o melhor que consigo fazer é isso, que não funciona:

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np # only for MWE, not present in real file
# https://matplotlib.org/stable/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.hist2d.html

# getting min/max
fig, (ax0,ax1) = plt.subplots(nrows = 2, ncols = 1, sharex = True)
colormax = float("-inf")
colormin = float("inf")

h0 = ax0.hist2d(np.random.random(100), np.random.random(100))
colormax = max(h0[0].max(), colormax)
colormin = min(h0[0].min(), colormin)
h1 = ax1.hist2d(np.random.random(200), np.random.random(200))
colormax = max(h1[0].max(), colormax)
colormin = min(h1[0].min(), colormin)
# starting real plot, not just to get min/max
fig, axes = plt.subplots(nrows = 2, ncols = 1, sharex = True, figsize = (6.4,4.8))
i = 0
h = [h0, h1]
for ax in axes.flat: # I don't see how I can implement this
    im = ax.imshow(h[i], vmin = colormin, vmax = colormax)
    i += 1
fig.colorbar(im, ax= axes.ravel().tolist())
plt.savefig('imshow.debug.png')
python
Martin Hope
con
Asked: 2024-01-27 02:34:26 +0800 CST
  • 7

Inspirado em https://perlmaven.com/datetime , estou tentando encontrar o número de horas de diferença entre 2024-01-03T19:00:00 e 2024-01-07T16:00:00 (93 horas).

#!/usr/bin/env perl

use 5.038;
use warnings FATAL => 'all';
use autodie ':default';
use DDP;
use Devel::Confess 'color';
use DateTime;

sub str_to_date ($date) {
    if ($date =~ m/^(\d+) # year
    \-(\d{1,2})           # month
    \-(\d{1,2})           # day
    T
    (\d+)                        # hour
    :
    (\d+)                        # minutes
    :
    (\d+)                        # seconds                  
    /x) {
        return DateTime -> new(
        year  => $1,
        month => $2,
        day   => $3,
        hour    => $4,
        minute=> $5,
        second=> $6,
    );
    } else {
        die "$date failed regex.";
    }
} # later dates are "greater"
my $wed_date = str_to_date('2024-01-03T19:00:00');
say $wed_date->day;
my $sun_date = str_to_date('2024-01-07T16:00:00');
my $diff = $sun_date - $wed_date; # returns a duration object

p $diff;
say $diff->clock_duration->in_units('hours'); # 21, but should be 93
say $diff->in_units('hours'); # 21 again
say $diff->hours; # 21 again
say $sun_date->delta_days($wed_date)->in_units('hours'); # 0
p $diff->deltas;

todos os métodos que encontrei em https://metacpan.org/pod/DateTime::Format::Duration estão fornecendo respostas incorretas.

Alternativamente, se eu remover a análise,

#!/usr/bin/env perl
use 5.038;
use warnings FATAL => 'all';
use autodie ':default';
use DDP;
use Devel::Confess 'color';
use DateTime;

my $wed_date = DateTime->new(
    year => 2024,
    month=>1,
    day=>3,
    hour=>19
);#str_to_date('2024-01-03T19:00:00');
my $sun_date = DateTime->new(
    year=>2024,
    month=>1,
    day=>7,
    hour=>16#my $sun_date = str_to_date('2024-01-07T16:00:00');
);#
say $wed_date->day;

my $diff = $sun_date - $wed_date;

p $diff;
say $diff->clock_duration->in_units('hours'); # 21, but should be 93
say $diff->in_units('hours'); # 21 again
say $diff->hours; # 21 again
say $sun_date->delta_days($wed_date)->in_units('hours'); # 0
p $diff->deltas; # 10

as respostas são idênticas.

o objeto DateTime::Duration parece estar ignorando os dias intermediários e focando apenas na diferença entre as horas.

Como posso obter o número correto de horas entre duas datas?

datetime
Martin Hope
con
Asked: 2024-01-18 23:54:16 +0800 CST
  • 8

Estou lendo um arquivo enorme para armazenar dados em um hash muito grande. Estou tentando manter o uso de RAM o menor possível.

Eu tenho um MWE que mostra um comportamento estranho em Perl:

#!/usr/bin/env perl

use 5.038;
use warnings FATAL => 'all';
use autodie ':default';
use DDP {output => 'STDOUT', array_max => 10, show_memsize => 1}; # pretty print with "p"

my @l = split /\s+/, 'OC   Pimascovirales; Iridoviridae; Betairidovirinae; Iridovirus.';
p @l;
$_ =~ s/[\.;]$// foreach @l; # single line keeps code shorter
p @l;

que tem saída:

[
    [0] "OC",
    [1] "Pimascovirales;",
    [2] "Iridoviridae;",
    [3] "Betairidovirinae;",
    [4] "Iridovirus."
] (356B)
[
    [0] "OC",
    [1] "Pimascovirales",
    [2] "Iridoviridae",
    [3] "Betairidovirinae",
    [4] "Iridovirus"
] (400B)

Embora este exemplo seja trivialmente pequeno, farei isso muitas vezes, portanto, o gerenciamento de RAM é importante.

como diminuir o comprimento da string aumentou o tamanho da RAM dessa matriz de 356B para 400B?

Se possível, posso evitar aumentos como esse?

perl
Martin Hope
con
Asked: 2024-01-13 10:23:50 +0800 CST
  • 6

Tenho texto sobreposto do meu script:

import matplotlib.pyplot as plt
from adjustText import adjust_text
x = [12,471,336,1300]
y = [2,5,4,11]
z = [0.1,0.2,0.3,0.4]
im = plt.scatter(x, y, c = z, cmap = "gist_rainbow", alpha = 0.5)
plt.colorbar(im)
texts = []
texts.append(plt.text(783, 7.62372448979592, 'TRL1'))
texts.append(plt.text(601, 6.05813953488372, 'CFT1'))
texts.append(plt.text(631, 4.28164556962025, 'PTR3'))
texts.append(plt.text(665, 7.68018018018018, 'STT4'))
texts.append(plt.text(607, 5.45888157894737, 'RSC9'))
texts.append(plt.text(914, 4.23497267759563, 'DOP1'))
texts.append(plt.text(612, 7.55138662316476, 'SEC8'))
texts.append(plt.text(766, 4.1264667535854, 'ATG1'))
texts.append(plt.text(681, 3.80205278592375, 'TFC3'))
plt.show()

que mostra texto sobreposto: insira a descrição da imagem aqui

no entanto, quando adiciono adjust_text:

import matplotlib.pyplot as plt
from adjustText import adjust_text
x = [12,471,336,1300]
y = [2,5,4,11]
z = [0.1,0.2,0.3,0.4]
im = plt.scatter(x, y, c = z, cmap = "gist_rainbow", alpha = 0.5)
plt.colorbar(im)
data = [
    (783, 7.62372448979592, 'TRL1'),
    (601, 6.05813953488372, 'CFT1'),
    (631, 4.28164556962025, 'PTR3'),
    (665, 7.68018018018018, 'STT4'),
    (607, 5.45888157894737, 'RSC9'),
    (914, 4.23497267759563, 'DOP1'),
    (612, 7.55138662316476, 'SEC8'),
    (766, 4.1264667535854, 'ATG1'),
    (681, 3.80205278592375, 'TFC3')
]

texts = [plt.text(x, y, l) for x, y, l in data]
adjust_text(texts)
plt.savefig('adjust.text.png', bbox_inches='tight', pad_inches = 0.1)

os rótulos são deslocados para o canto inferior esquerdo, tornando-os inúteis, em vez de apenas um pouco sobrepostos.

Estou seguindo as dicas adjust_text(texts)sugeridas pelos dois links abaixo,

Como ajustar o texto no gráfico de dispersão do Matplotlib para que os pontos de dispersão não se sobreponham?

e https://adjusttext.readthedocs.io/en/latest/Examples.html

Eu entendi isso:insira a descrição da imagem aqui

como posso adjust_textcorrigir os rótulos sobrepostos?

python
Martin Hope
con
Asked: 2023-11-14 23:11:42 +0800 CST
  • 6

Estou tentando fazer um gráfico de dispersão, com uma legenda de figura fora da caixa, conforme sugerido em How to put the legend outside the plot , mas também estou plotando vários conjuntos de dados Uma barra de cores para vários gráficos de dispersão . O exemplo de trabalho mínimo a seguir tem a maioria dos conjuntos removidos; pode haver 10 conjuntos no script real:

import matplotlib.pyplot as plt
norm = plt.Normalize(55,1954)
plt.scatter([75,75,63,145,47],[0.979687,1.07782,2.83995,4.35468,4.44244], c = [75,75,70,70,70], norm = norm, label = 's1', cmap = 'gist_rainbow', marker = 'o')
plt.scatter([173,65],[0.263218,3.12112], c = [77,68], norm = norm, label = 's2', cmap = 'gist_rainbow', marker = 'v')
plt.colorbar().set_label('score')
plt.legend(loc = "outside center left")
plt.savefig('file.svg', bbox_inches='tight', pad_inches = 0.1)

mas recebo um erro:

/home/con/.local/lib/python3.10/site-packages/matplotlib/projections/__init__.py:63: UserWarning: Unable to import Axes3D. This may be due to multiple versions of Matplotlib being installed (e.g. as a system package and as a pip package). As a result, the 3D projection is not available.
  warnings.warn("Unable to import Axes3D. This may be due to multiple versions of "
Traceback (most recent call last):
  File "/tmp/2Le599Dl8S.py", line 6, in <module>
    plt.legend(loc = "outside center left")
  File "/home/con/.local/lib/python3.10/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 3372, in legend
    return gca().legend(*args, **kwargs)
  File "/home/con/.local/lib/python3.10/site-packages/matplotlib/axes/_axes.py", line 323, in legend
    self.legend_ = mlegend.Legend(self, handles, labels, **kwargs)
  File "/home/con/.local/lib/python3.10/site-packages/matplotlib/legend.py", line 566, in __init__
    self.set_loc(loc)
  File "/home/con/.local/lib/python3.10/site-packages/matplotlib/legend.py", line 703, in set_loc
    raise ValueError(
ValueError: 'outside' option for loc='outside center left' keyword argument only works for figure legends

Eu também tentei:

import matplotlib.pyplot as plt
norm = plt.Normalize(55,1954)
fig = plt.scatter([75,75,63,145,47],[0.979687,1.07782,2.83995,4.35468,4.44244], c = [75,75,70,70,70], norm = norm, label = 's1', cmap = 'gist_rainbow', marker = 'o')
plt.scatter([173,65],[0.263218,3.12112], c = [77,68], norm = norm, label = 's2', cmap = 'gist_rainbow', marker = 'v')
plt.colorbar().set_label('score')
fig.legend(loc = "outside center left")
plt.savefig('file.svg', bbox_inches='tight', pad_inches = 0.1)

mas isso produz outro problema:

/home/con/.local/lib/python3.10/site-packages/matplotlib/projections/__init__.py:63: UserWarning: Unable to import Axes3D. This may be due to multiple versions of Matplotlib being installed (e.g. as a system package and as a pip package). As a result, the 3D projection is not available.
  warnings.warn("Unable to import Axes3D. This may be due to multiple versions of "
Traceback (most recent call last):
  File "/tmp/2Le599Dl8S.py", line 6, in <module>
    fig.legend(loc = "outside center left")
AttributeError: 'PathCollection' object has no attribute 'legend'

Também olhei Qual é a necessidade de plt.figure() no matplotlib? , mas não há nada lá sobre lendas, então aquela postagem não resolveu meu problema. Também não apareceu na pesquisa do Google.

python
Martin Hope
con
Asked: 2023-11-14 03:13:03 +0800 CST
  • 7

Eu estou tentando:

#!/usr/bin/env perl

use 5.038;
use warnings FATAL => 'all';
use autodie ':all';
use Devel::Confess 'color';

while (my ($i, $t) = each('a','b','c')) {
    say "$i, $t";
}

mas recebo um erro:

Experimental each on scalar is now forbidden

('a','b','c')é um escalar?

Eu realmente gosto de Perl eachem arrays, pois não preciso declarar uma variável iteradora.

Eu também tentei

while (my ($i, $t) = each(('a','b','c'))) {

while (my ($i, $t) = each(qw('a','b','c'))) {

mas recebo o mesmo erro.

while (my ($i, $t) = each(@{ ('a','b','c') }) {

mas o texto acima apresenta um erro: Useless use of a constant ("a") in void contextque obtive em como resolver o problema “Valores experimentais em escalar agora são proibidos” em perl

Como posso convencer Perl eachde que ('a','b','c') é um array?

perl