Início / user-11689123

JVGen's questions

Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-09-20 06:11:41 +0800 CST
  • 6

Estou tentando reunir dois conjuntos de colunas. Cada conjunto precisa terminar em uma nova coluna, mas os dados das linhas estão vinculados, portanto, o uso sequencial de tidyr::gather()não garantirá a retenção da organização entre colunas. Parece que tidyr::pivot_longer()posso conseguir isso, mas estou perplexo. Uma postagem semelhante está aqui , mas a resposta envolve o uso do grep para renomear colunas, o que não consigo desvendar e também não deveria ser necessário aqui.

library(tidyverse)

df <- data.frame(
  Position=1:5,
  A_Width=3:7,
  B_Width=4:8,
  A_Error=seq(0, 2.0, 0.5),
  B_Error=seq(0.3, 1.5, 0.3)
  )


df <- df %>%
  tidyr::pivot_longer(
    cols=c(A_Width, B_Width, A_Error, B_Error),
    names_to= ? ,
    names_pattern= ? ,
    )

##Desired Data Frame
df_long <- data.frame(
  Position=rep(1:5,2),
  Group=c(rep("A",5), rep("B",5)),
  Width=c(3:7,4:8),
  Error=c(seq(0, 2.0, 0.5), seq(0.3, 1.5, 0.3))
  )
Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-09-15 04:03:08 +0800 CST
  • 5

Eu tenho um dataframe contendo duas colunas com valores numéricos. Quero ajustar o intervalo dos valores enquanto mantenho a distância relativa entre os valores numéricos. O exemplo explica isso melhor.

Existe uma função padrão que faz isso?

df <- data.frame(
  Name = c("A", "B", "C", "D", "E"),
  Start = c(175000, 183597, 185317, 188307, 191390),
  Stop = c(182548, 184724, 187841, 188599, 192650)
)

Range_Start <- df$Start[df$Name=="C"] - 10000
Range_Stop <- df$Stop[df$Name=="C"] + 10000

Range_Start2 <- 1
Range_Stop2 <- length(Range_Start:Range_Stop)

df2 <- df %>%
  rowwise() %>%
  dplyr::mutate(Start2 = Start - Range_Start) %>%
  dplyr::mutate(Stop2 = Stop - Range_Start)

Valores desejados:

> df2$Start2
[1]  -317  8280 10000 12990 16073

> df2$Stop2
[1]  7231  9407 12524 13282 17333
Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-08-26 04:27:42 +0800 CST
  • 5

Eu tenho um loop for que aceita um arquivo com um tipo de extensão, mas o comando final no pipe requer que o arquivo STDIN tenha uma extensão de outro tipo. No meu pipe eu costumo awkalterar o tipo de arquivo para que fique formatado corretamente para o comando final, mas a extensão ainda está vinculada ao arquivo de entrada inicial.

Por exemplo:

for file in *.AAA
do
commandA $file | awk ' { print } ' | commandB

Um uso típico do comandoB:

commandB -i myfile.BBB

Existe uma maneira de alterar a extensão de um arquivo no meio de um for loop & pipe?

shell
Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-08-25 22:44:36 +0800 CST
  • 7

Tenho muitos arquivos TSV grandes com 6 colunas sem nome e cerca de 10 milhões de linhas. Preciso aplicar uma alteração linha por linha e salvar como um novo TSV. Estou trabalhando no Linux e tenho acesso ao awk, gawk, grep. Idealmente, o código faria referência aos números das colunas em seus operadores para que funcionasse independentemente do conteúdo da linha. TIA!

As únicas alterações que precisam ser feitas são nas Colunas 2 e 3, mas a alteração está condicionada ao valor na Coluna 6:

If the value of column 6 is "+", then:  
New Column 2: [Column 2 Value]  
New Column 3: [Column 2 Value] + 1  
  
If the value of column 6 is "-", then:  
New Column 2: [Column 3 Value] - 1  
New Column 3: [Column 3 Value]

Exemplo de estrutura de dados TSV (não | presente nos dados reais)

| AI     | 828     | 878     | ABC4807:78485:5:79215       | 42 | - |
| AI     | 971     | 1021    | ABC248:78485:5:79215:46065  | 42 | + |
| AI     | 1104    | 1153    | X7481:78485:5:79215:40174   | 35 | - |
| XVDIII | 56939   | 56988   | 9478:78485:5:79215:30872    | 42 | - |
| XVDIII | 56971   | 57020   | 7841S:78485:5:79215:34301   | 42 | - |
| UTXV   | 1043196 | 1043246 | T885189:78485:5:79215:10036 | 42 | + |
| UTXV   | 1043198 | 1043248 | C74581:78485:5:79215:10792  | 42 | - |
| UTXV   | 1043201 | 1043250 | T75S17:78485:5:79215:30204  | 42 | - |
| UTXV   | 1043201 | 1043251 | B784W7:78485:5:79215:42548  | 42 | - |

Saída TSV desejada

| AI     | 877     | 878     | ABC4807:78485:5:79215       | 42 | - |
| AI     | 971     | 972     | ABC248:78485:5:79215:46065  | 42 | + |
| AI     | 1152    | 1153    | X7481:78485:5:79215:40174   | 35 | - |
| XVDIII | 56987   | 56988   | 9478:78485:5:79215:30872    | 42 | - |
| XVDIII | 57019   | 57020   | 7841S:78485:5:79215:34301   | 42 | - |
| UTXV   | 1043196 | 1043197 | T885189:78485:5:79215:10036 | 42 | + |
| UTXV   | 1043247 | 1043248 | C74581:78485:5:79215:10792  | 42 | - |
| UTXV   | 1043249 | 1043250 | T75S17:78485:5:79215:30204  | 42 | - |
| UTXV   | 1043250 | 1043251 | B784W7:78485:5:79215:42548  | 42 | - |
linux