Andrea's questions

Tenho o seguinte dataframe de exemplo:

df <- data.frame(
    record_id = c(1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3),
    instance = c(NA, NA, 2, NA, 1, 2, NA, NA),
    A = c(10, NA, NA, 20, 25, NA, 30, NA),
    B = c(NA, 5, NA, NA, 5, 15, NA, 15),
    C = c(NA, NA, 3, NA, 5, 20, NA, 20),
    D = c(NA, NA, NA, 25, 25, 30, NA, 30)
)

  record_id instance  A  B  C  D
1         1       NA 10 NA NA NA
2         1       NA NA  5 NA NA
3         1        2 NA NA  3 NA
4         2       NA 20 NA NA 25
5         2        1 25  5  5 25
6         3        2 NA 15 20 30
7         3       NA 30 NA NA NA
8         3       NA NA 15 20 30

Se a instância for NA, quero que as linhas do mesmo record_id sejam recolhidas em uma linha. No meu dataframe, não haverá dois ou mais valores na mesma coluna para o mesmo record_id e grupo de instâncias NA.

Em outras palavras, eu gostaria de obter:

  record_id instance  A  B  C  D
1         1       NA 10  5 NA NA
2         1        2 NA NA  3 NA
3         2       NA 20 NA NA 25
4         2        1 25  5  5 25
5         3        2 NA 15 20 30
6         3       NA 30 15 20 30

Como posso fazer isso?

Tenho um dataframe df de visitas de pacientes estruturado no seguinte formato:

df <- data.frame(ID = c(34, 34, 34, 34, 89, 89, 89, 89), visit_number = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2), variable = c("height", "weight", "eye_color", "hair_color", "weight", "height", "height", "weight"), value = c("short", "over", "brown", "brown", "normal", "short", "short", "over"))

Então, para a visita nº 1, o paciente 34 teve sua altura, peso, cor dos olhos e cabelo anotados. O paciente 89 teve duas visitas registrando sua altura e peso.

Tenho um arquivo de mapeamento que mostra um par de variáveis ​​e valores que resulta em um novo valor que eu gostaria de extrair para cada par relevante:

mapping <- data.frame( var_1= c("height", "height", "eye_color", "eye_color"), val_1 = c("short", "short", "brown", "blue"), var_2 = c("weight", "weight", "hair_color", "hair_color"), val_2 = c("normal", "over", "brown", "blonde"), new_var_name = c("health", "health", "complexion", "complexion"), new_val = c("average", "warn", "monochrome", "contrast"))

Então, esse arquivo de mapeamento mostra que se a altura de um paciente for baixa e seu peso for normal, eu gostaria de criar uma variável de saúde definida como "média". Se a altura dele for baixa e seu peso for acima do normal, eu gostaria que esse indicador de saúde fosse "aviso", e assim por diante, como os outros pares nas linhas subsequentes mostram.

Qual seria a melhor maneira de fazer isso? Podemos assumir que todos os pares serão cobertos no dataframe de mapeamento e também podemos assumir que não haverá pares incompletos nos dados.

Tenho o seguinte dataframe de amostra derretido:

df_melted <- data.frame(ID = c(21, 21, 21, 21, 49, 49, 49, 49), instance = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2), variable = c("causeofdeath", "deathdate", "dob", "gender", "causeofdeath", "deathdate", "deathdate", "causeofdeath"), value_temp = c("BLANK", "MM/DD/YYYY", "BLANK", "F", "BLANK", "BLANK", "MM/DD/YYYY", "BLANK"))

E o seguinte arquivo de mapeamento que desejo usar eventualmente para produzir novos valores usando um left_join():

df_map <- data.frame(var_name_1 = c("causeofdeath", "causeofdeath", "dob"), val_1 = c("BLANK", "BLANK", "MM/DD/YYYY"), var_name_2 = c("deathdate", "deathdate", "gender"), val_2 = c("MM/DD/YYYY", "BLANK", "F"), new_var_name = c("ida", "idf", "ids"), new_val = c("T60", "T55", "T67"))

Como posso remodelar df_melted para que fique no mesmo arranjo específico mostrado em df_map sem fazer nenhuma suposição sobre a ordem do dataframe?, ou seja:

Eu tentei usar pivot_wider() sem sucesso

Eu tenho duas funções semelhantes às seguintes. O primeiro detecta se uma variável está em branco enquanto o segundo irá gerar algo que não é relevante para esta questão. Quero que a segunda função gere as seguintes mensagens de erro específicas nas condições estipuladas com o "if":

is.blank <- function(x) is.na(x) | x == ""

generate_something <- function(n, m, roll) {
  if (is.blank(n)) {
     stop("Missing number of blocks.")
  }
  if (is.blank(m)) {
     stop("Missing M number.")
  }
  if (is.blank(roll) && m > 27) {
     stop("Missing roll where relevant.")
  }
}

No entanto, R não funciona bem com isso quando tento executar generate_something() sem nenhuma entrada. Em vez disso, ele me dará sua própria mensagem de erro:

Error in generate_something(m = 34, roll = 1) :
 argument "n" is missing with no default

Porém, se eu definir a função com todas as entradas iguais a NULL, isso também não resolverá o problema. O que posso fazer para resolver esse problema?