Paolo Lorenzini's questions

Tenho uma referência e sequências de consulta:

ref_seq <- "ATTT"
df <- data.frame(V1=c("AATT", "TTTT", "GGTT"))

Gostaria de retornar as posições incompatíveis na sequência para cada consulta em comparação com a referência:

seqdiff <- function(seq1, seq2) {
  seq <- strsplit(c(seq1, seq2), split= '')
  mismatches <- which(seq[[1]] != seq[[2]])
  return(mismatches)
}
    
apply(X=df, MARGIN=2, function(x) seqdiff(x, ref_seq))

#      V1
# [1,]  1
# [2,]  2

Resultado esperado:

#      V1
# [1,]  2
# [2,]  1
# [3,]  1 2

Gostaria de preencher uma matriz por linha com base em uma função que fornece a seq() de um número seq(1) 1 seq(2) 1 2 e assim por diante

    matrixinp = matrix(data=NA, nrow=6, ncol=6) 

> print(matrixinp) 
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[2,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[3,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[4,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[5,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[6,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA
    
    # display matrix 
    print(matrixinp) 
    
    # fill the elements with some  
    # 90 in a matrix 
    for (i in 1:6){
      aaa<-seq(i)
      print(aaa)
      for(j in 1:6){ 
        matrixinp[j,] = aaa
      } 
    }

Isso me deu isto:

> print(matrixinp)
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]    1    2    3    1    2    3
[2,]    1    2    3    1    2    3
[3,]    1    2    3    1    2    3
[4,]    1    2    3    1    2    3
[5,]    1    2    3    1    2    3
[6,]    1    2    3    1    2    3

mas eu gostaria disto:

> print(matrixinp)
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]    1    NA   NA   NA   NA   NA
[2,]    1    2    NA   NA   NA   NA
[3,]    1    2    3    NA   NA   NA
[4,]    1    2    3    4    NA   NA
[5,]    1    2    3    4    5    NA
[6,]    1    2    3    4    5    6

Eu tenho muitos arquivos .txt que se parecem com:

arquivo1.txt

header
1_fff_aaa 1_rrr_aaa 1_ggg_aaa ...

arquivo2.txt

header
1_ttt_aaa 1_iii_aaa 1_lll_aaa ...

Gostaria de remover o cabeçalho e dividir a string da segunda linha em várias linhas após o espaço em branco e pegar o padrão entre o caractere _:

Saída:

file1_v1.txt

fff
rrr
ggg

file2_v1.txt

ttt
iii
lll

Eu gostaria de utilizar comandos unix como sed

Eu tenho um quadro de dados df como este

Pass
P01
P02
P01
P01
P02
P03
P03
P01

unique(df$Pass)

"P01" "P02" "P03"

para cada valor único de df$col irei gerar um gradiente de cores

cc <- scales::seq_gradient_pal("blue", "red", "Lab")(seq(0,1,length.out=length(unique(df$Pass))))

Isso irá gerar um vetor de cores

cc

"#0000FF" "#6D00E4" "#9300C9"

Quero atribuir cada cor ao valor correspondente e criar uma nova coluna:

Saída:

Pass col
P01  "#0000FF"
P02  "#6D00E4"
P01  "#0000FF"
P01  "#0000FF"
P02  "#6D00E4"
P03  "#9300C9"
P03  "#9300C9"
P01  "#0000FF"