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szmple
Asked: 2024-11-26 21:00:38 +0800 CST

Erro de ajuste de curva valor não finito fornecido por optim

  • 772

Estou tentando criar algumas curvas de dose-resposta para um experimento que fiz. Para um dos DRC's, estou recebendo o seguinte erro:

Error in optim(startVec, opfct, hessian = TRUE, method = optMethod, control = list(maxit = maxIt,  : 
  non-finite finite-difference value [4]
Error in drmOpt(opfct, opdfct1, startVecSc, optMethod, constrained, warnVal,  : 
  Convergence failed

este é o conjunto de dados para este exemplo:

test <-data.frame(value1 = c(30000, 7500, 1875, 469, 117, 29.3, 7.32, 1.83, 0.458),value2= c(0.817, 0.773, 0.811, 0.861, 0.833, 0.904, 0.903, 0.875, 1.07))

e com o seguinte código para reproduzir o erro.

drm(data = test, value2 ~ value1,fct=LL.4(names = c("Slope","LowerLimit","UpperLimit", "ED50")))

o que está errado aqui? Muito obrigado antecipadamente

1 respostas

  1. Best Answer

    Adicione alguns pontos usando approxinterpolação para obter melhores valores iniciais de fm0.

    xy <- with(test, approx(value1, value2))

Names <- c("Slope", "LowerLimit", "UpperLimit", "ED50")
fm0 <- drm(y ~ x, data = xy, fct = LL.4(names = Names))
fm <- drm(value2 ~ value1, data = test, fct = LL.4(names = Names), start = coef(fm0))
fm

    dando

    A 'drc' model.

Call:
drm(formula = value2 ~ value1, data = test, fct = LL.4(names = Names),     start = coef(fm0))

Coefficients:
     Slope:(Intercept)  LowerLimit:(Intercept)  UpperLimit:(Intercept)  
                0.5580                  0.8134                  1.1787  
      ED50:(Intercept)  
                0.8140

    O gráfico se parece com isso

    plot(fm)

    captura de tela

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