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Accepted
DaniCee
Asked: 2024-11-26 11:32:38 +0800 CST

Lista aninhada em quadro de dados

  • 772

Não encontrei um exemplo que se aplique ao meu problema específico, mas fique à vontade para marcar como duplicado, se necessário.

Tenho uma lista aninhada como a seguinte:

nested_list <- list(
  ID1 = list(
    FEAT = list(
      feat1 = list(start = "1", end = "15", label = "CDR1"),
      feat2 = list(start = "20", end = "25", label = "CDR2")
    ),
    SEQ = "ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC"
  ),
  ID2 = list(
    SEQ = "ACTGATCGGCGGTGGCTAGCTGTGGGGCGCGCGACCGGGAAAA"
  )
)

Quero obter um quadro de dados como este:

   id  feat feat_label feat_start feat_end                                    full_seq
1 ID1 feat1       CDR1          1       15            ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC
2 ID1 feat2       CDR2         20       25            ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC
3 ID2  <NA>       <NA>         NA       NA ACTGATCGGCGGTGGCTAGCTGTGGGGCGCGCGACCGGGAAAA

as.data.frame(nested_list)não produz o que eu quero, então provavelmente precisa de uma etapa extra para transformar o quadro de dados em um formato "mais longo", de preferência com algo como tidyr::pivot_longer().

2 respostas

  1. Best Answer

    Acho que isso lhe dá o essencial do que você quer. A ordem das colunas e os nomes das colunas são facilmente ajustados.

    nested_list <- list(
  ID1 = list(
    FEAT = list(
      feat1 = list(start = "1", end = "15", label = "CDR1"),
      feat2 = list(start = "20", end = "25", label = "CDR2")
    ),
    SEQ = "ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC"
  ),
  ID2 = list(
    SEQ = "ACTGATCGGCGGTGGCTAGCTGTGGGGCGCGCGACCGGGAAAA"
  )
)
library(purrr)

Unpack2 <- function(L) {
  map_dfr(L, .f = \(Row) unlist(Row))
}

Unpack1 <- function(NAME) {
  LIST <- nested_list[[NAME]]
  if(!is.null(LIST$FEAT)) {
    tmp <- LIST$FEAT
    Nms <- names(tmp)
    DF <- Unpack2(tmp)
    DF$feat <- Nms
  } else {
    DF <- data.frame(start = NA, end = NA, label = NA)
  }
  DF$ID <- NAME
  DF$Seq <- LIST$SEQ
  return(DF)
}

ListNames <- names(nested_list)
map_dfr(ListNames, Unpack1)
#> # A tibble: 3 × 6
#>   start end   label feat  ID    Seq                                        
#>   <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>                                      
#> 1 1     15    CDR1  feat1 ID1   ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC           
#> 2 20    25    CDR2  feat2 ID1   ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC           
#> 3 <NA>  <NA>  <NA>  <NA>  ID2   ACTGATCGGCGGTGGCTAGCTGTGGGGCGCGCGACCGGGAAAA

    Criado em 2024-11-25 com reprex v2.1.1

    • 2

  2. Use as.data.frameem lapply, atribuir 'id'variável mergee reshape.

    > lapply(nested_list, as.data.frame) |> 
+   {\(.) Map(f=`[<-`, ., 'id', value=names(.))}() |>
+   Reduce(f=\(...) merge(..., all=TRUE)) |> 
+   reshape(timevar=NULL, varying=list(c(3, 6), c(4, 7), c(5, 8)), 
+           v.names = c("feat_start", "feat_end", "feat_label"),
+           direction='long') 
                                              SEQ  id feat_start feat_end feat_label
ID2.1 ACTGATCGGCGGTGGCTAGCTGTGGGGCGCGCGACCGGGAAAA ID2       <NA>     <NA>       <NA>
ID1.1            ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC ID1          1       15       CDR1
ID2.2 ACTGATCGGCGGTGGCTAGCTGTGGGGCGCGCGACCGGGAAAA ID2       <NA>     <NA>       <NA>
ID1.2            ACTGATCGTAGCTAGCTAGATGCTGATGTGTC ID1         20       25       CDR2
    • 1

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