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Asked: 2024-11-08 17:54:25 +0800 CST

Remover elementos vazios do yaml em R

  • 772

Gostaria de remover alguns elementos vazios de um YAML em R. Elementos vazios podem ser mostrados como []em um yaml. Encontrei o ymlthispacote com a yml_discard(~is_yml_blank(.x))opção. Isso deve remover os elementos vazios do yaml, mas não funciona. Aqui está um exemplo reproduzível:

library(yaml)
library(ymlthis)
z <- yaml.load(
  "tree:
  format: newick
tracks:
  - class: colorstrip
    rel_height: []
    title: ")

y <- as.yaml(z)

y |>
  yml_discard(~is_yml_blank(.x))
#> ---
#> tree:
#>   format: newick
#> tracks:
#> - class: colorstrip
#>   rel_height: []
#>   title: null
#> ---

Criado em 2024-11-08 com reprex v2.1.1

Como você pode ver, ele não remove os valores vazios. Minha saída esperada deve ser parecida com esta:

#> ---
#> tree:
#>   format: newick
#> tracks:
#> - class: colorstrip
#> ---

A saída esperada mostra que os elementos sem valor devem ser removidos. Então, eu queria saber se alguém sabe como remover elementos vazios em um arquivo YAML em R?

3 respostas

  1. Best Answer

    Parece mais fácil trabalhar com z, que é uma árvore (ou em termos de R uma lista aninhada de profundidade arbitrária), do que y, que é uma string (ou vetor de caracteres de comprimento um). Por exemplo, use rrapply::rapply()para podar quaisquer elementos vazios de z, então converta para uma string yaml:

    rrapply::rrapply(z, \(x) !is.null(x), how = "prune") |>
    as.yaml()

    Isso retorna:

    tree:
  format: newick
tracks:
- class: colorstrip
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  2. Com purrrtambém poderíamos optar por modify_tree()+ compact():

    library(yaml)
library(purrr)

z <- yaml.load(
  "tree:
  format: newick
tracks:
  - class: colorstrip
    rel_height: []
    title: ")

modify_tree(z, post = compact) |> 
  as.yaml() |> 
  cat()
#> tree:
#>   format: newick
#> tracks:
#> - class: colorstrip

    Criado em 2024-11-08 com reprex v2.1.1

    • 4

  3. Você precisa iterar por todos os níveis da lista

    yml_discard()considera apenas o nível superior do seu yaml. Para fazer o que você quer, você precisará iterar pela profundidade da lista e descartar itens vazios conforme avança. Podemos usar a purrrbiblioteca para isso.

    Aliás, você não precisa da yamlbiblioteca para este exemplo - você pode ler seu texto ymlthis::as_yml()diretamente com:

    library(ymlthis)
library(purrr)

y <- ymlthis::as_yml(
"tree:
  format: newick
tracks:
  class: colorstrip
  rel_height: []
  title: ")

    Conforme observado acima, yml_discard()considere apenas o nível superior do seu yaml:

    ## Iterates over first level:
y |>
  yml_discard(~ length(.x) > 1)
#> ---
#> tree:
#>   format: newick
#> ---

    Crie uma função de auto-invocação

    drop_all_empty()é uma função que descarta todos os itens de comprimento zero do nível superior da lista e, então, se aplica a todas as listas restantes dentro da lista. Itens que não são da lista são simplesmente retornados.

    ## Iterative dropping of empty values

drop_all_empty <- function(x){
    
  ## Discard any empty values
    discard(x, \(z) length(z) < 1) |> 
      ## Then, for every remaining list item:
      map(
        \(a){
          ## If it's a list, 'go round again' with this function
          if(is.list(a)) drop_all_empty(a)

          ## if it's not a list, return it
          else a
        })
}

    Por fim, como a saída de drop_all_empty()será uma lista, podemos criar um pequeno wrapper que converte a lista de volta para yaml:

    drop_empty_yaml <- function(x){
  drop_all_empty(x) |> 
    as_yml()
}

# presto!
drop_empty_yaml(y)
#> ---
#> tree:
#>   format:
#>   - newick
#> tracks:
#>   class:
#>   - colorstrip
#> ---

    Criado em 2024-11-08 com reprex v2.1.1

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