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Início / coding / Perguntas / 78982211
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farrow90
farrow90
Asked: 2024-09-13 20:49:58 +0800 CST2024-09-13 20:49:58 +0800 CST 2024-09-13 20:49:58 +0800 CST

Dividir aleatoriamente um gráfico em mini gráficos

  • 772

Eu tenho esta rede de grafos em R:

library(igraph)
n_rows <- 10
n_cols <- 5
g <- make_lattice(dimvector = c(n_cols, n_rows))

layout <- layout_on_grid(g, width = n_cols)

n_nodes <- vcount(g)
node_colors <- rep("white", n_nodes)

for (row in 0:(n_rows-1)) {
    start_index <- row * n_cols + 1
    node_colors[start_index:(start_index+2)] <- "orange"  
    node_colors[(start_index+3):(start_index+4)] <- "purple"    
}

node_labels <- 1:n_nodes

plot(g, 
     layout = layout, 
     vertex.color = node_colors,
     vertex.label = node_labels,
     vertex.label.color = "black",
     vertex.size = 15,
     edge.color = "gray",
     main = "Rectangular Undirected Network")

insira a descrição da imagem aqui

Estou tentando escrever uma função que divide aleatoriamente essa rede em 5 subgráficos conectados (ou seja, minigráficos) de modo que cada nó apareça exatamente uma vez.

Acho que, em teoria, isso não deve ser muito difícil de fazer. Eu precisaria identificar aleatoriamente um nó, decidir aleatoriamente quantos vizinhos incluir, selecionar esses vizinhos e removê-los do gráfico... e reiniciar esse processo no gráfico restante. Claro, alguns detalhes adicionais precisariam ser especificados, por exemplo, se o número aleatório especificado exceder o número de nós restantes, então use uma função max, BFS precisaria ser usado para selecionar os nós, etc.

Aqui está minha primeira tentativa de escrever o código:

get_connected_subgraph <- function(graph, available_nodes, min_nodes = 5, max_nodes = 15) {
    if (length(available_nodes) == 0) return(NULL)
    
    start_node <- sample(available_nodes, 1)
    
    bfs_result <- bfs(graph, root = start_node, unreachable = FALSE, order = TRUE, rank = TRUE, father = TRUE)
    
    bfs_order <- intersect(bfs_result$order, available_nodes)
    
    n_subgraph_nodes <- min(sample(min_nodes:max_nodes, 1), length(bfs_order))
    
    subgraph_nodes <- bfs_order[1:n_subgraph_nodes]
    
    return(subgraph_nodes)
}

create_5_subgraphs <- function(graph) {
    available_nodes <- V(graph)
    subgraphs <- list()
    
    for (i in 1:5) {
        subgraph_nodes <- get_connected_subgraph(graph, available_nodes)
        if (is.null(subgraph_nodes)) break
        
        subgraphs[[i]] <- subgraph_nodes
        available_nodes <- setdiff(available_nodes, subgraph_nodes)
    }
    
    return(subgraphs)
}

set.seed(42) 
subgraphs <- create_5_subgraphs(g)

subgraph_colors <- c("red", "blue", "green", "yellow", "purple")

node_subgraph_colors <- rep("lightgray", vcount(g))
for (i in 1:length(subgraphs)) {
    node_subgraph_colors[subgraphs[[i]]] <- subgraph_colors[i]
}

edge_subgraph_colors <- rep("lightgray", ecount(g))
for (i in 1:length(subgraphs)) {
    subgraph_edges <- E(g)[.inc(subgraphs[[i]])]
    edge_subgraph_colors[subgraph_edges] <- subgraph_colors[i]
}

plot(g, 
     layout = layout,
     vertex.color = node_subgraph_colors,
     vertex.label = node_labels,
     vertex.label.color = "black",
     vertex.size = 15,
     edge.color = edge_subgraph_colors,
     edge.width = 2,
     main = "Network with 5 Separate Connected Subgraphs")

insira a descrição da imagem aqui

O resultado acima parece quase correto, mas os nós amarelos (por exemplo, 29) parecem estar violando a conectividade.

Alguma dica sobre como consertar isso?


Escrevi um código opcional para comparar o antes/depois:

node_info <- data.frame(
    Node_Index = 1:vcount(g),
    Original_Color = node_colors,
    New_Color = node_subgraph_colors
)

get_subgraph_number <- function(node) {
    subgraph_num <- which(sapply(subgraphs, function(x) node %in% x))
    if (length(subgraph_num) == 0) return(NA)
    return(subgraph_num)
}

node_info$Subgraph_Number <- sapply(node_info$Node_Index, get_subgraph_number)

head(node_info)

Para complementar a resposta incrível de jblood94, aqui está uma função de plotagem rápida que funciona com a resposta de jblood94:

library(igraph)
library(data.table)

f <- function(g, n) {
    m <- length(g)
    dt <- setDT(as_data_frame(g))
    dt <- rbindlist(list(dt, dt[,.(from = to, to = from)]))
    dt[,group := 0L]
    used <- logical(m)
    s <- sample(m, n)
    used[s] <- TRUE
    m <- m - n
    dt[from %in% s, group := .GRP, from]
    
    while (m) {
        dt2 <- unique(
            dt[group != 0L & !used[to], .(grow = to, onto = group)][sample(.N)],
            by = "grow"
        )
        dt[dt2, on = .(from = grow), group := onto]
        used[dt2[[1]]] <- TRUE
        m <- m - nrow(dt2)
    }
    
    unique(dt[,to := NULL])[,.(vertices = .(from)), group]
}


plot_multiple_subgraphs <- function(n_plots = 25, n_rows = 10, n_cols = 5, n_subgraphs = 5) {
    g <- make_lattice(dimvector = c(n_cols, n_rows))
    layout <- layout_on_grid(g, width = n_cols)
    n_nodes <- vcount(g)
    
    color_palette <- c("red", "blue", "green", "yellow", "purple")
    
    par(mfrow = c(5, 5), mar = c(0.5, 0.5, 2, 0.5))
    
    for (i in 1:n_plots) {
        subgraphs <- f(g, n_subgraphs)
        
        node_colors <- rep("white", n_nodes)
        
        for (j in 1:nrow(subgraphs)) {
            nodes <- unlist(subgraphs$vertices[j])
            node_colors[nodes] <- color_palette[j]
        }
        
        plot(g, 
             layout = layout, 
             vertex.color = node_colors,
             vertex.label = NA,  
             vertex.size = 15,   
             edge.color = "gray",
             edge.width = 0.5,  
             main = paste("Partition", i),  
             cex.main = 0.8)     
    }
}

plot_multiple_subgraphs()

insira a descrição da imagem aqui

  • 3 3 respostas
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3 respostas

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  1. Best Answer
    jblood94
    2024-09-14T00:19:39+08:002024-09-14T00:19:39+08:00

    Aqui está uma função que seleciona aleatoriamente nvértices do gráfico gcomo o membro inicial do subgráfico para cada um dos ngrupos e, em seguida, "aumenta" iterativamente cada grupo até que todos os vértices estejam em um subgráfico.

    library(data.table)
    
    f <- function(g, n) {
      m <- length(g)
      dt <- setDT(as_data_frame(g))
      dt <- rbindlist(list(dt, dt[,.(from = to, to = from)]))
      dt[,group := 0L]
      used <- logical(m)
      s <- sample(m, n)
      used[s] <- TRUE
      m <- m - n
      dt[from %in% s, group := .GRP, from]
      
      while (m) {
        dt2 <- unique(
          dt[group != 0L & !used[to], .(grow = to, onto = group)][sample(.N)],
          by = "grow"
        )
        dt[dt2, on = .(from = grow), group := onto]
        used[dt2[[1]]] <- TRUE
        m <- m - nrow(dt2)
      }
      
      unique(dt[,to := NULL])[,.(vertices = .(from), .N), group]
    }
    

    Demonstrando no gráfico do OP:

    set.seed(907044864)
    f(g, 5L)
    #>    group              vertices     N
    #>    <int>                <list> <int>
    #> 1:     1       1,2,3,6,7,8,...     9
    #> 2:     2  4, 5, 9,10,13,14,...    13
    #> 3:     3 21,22,26,27,31,36,...     9
    #> 4:     4 23,28,29,32,33,38,...    10
    #> 5:     5 30,34,35,39,40,44,...     9
    

    Nota: durante as iterações, se vários grupos tentarem "crescer para dentro" do mesmo vértice, o grupo vencedor é selecionado aleatoriamente. Isso é feito com [sample(.N)]depois que todos os crescimentos candidatos são encontrados com dt[group != 0L & !used[to], .(grow = to, onto = group)].


    Verificação de desempenho

    Testando o desempenho ao particionar uma grade de 100 por 100 em 10 grupos:

    system.time(dt <- f(make_lattice(c(100, 100)), 10))
    #>    user  system elapsed 
    #>    0.16    0.02    0.17
    dt
    #>     group                          vertices     N
    #>     <int>                            <list> <int>
    #>  1:     4                   1,2,3,4,5,6,...  2329
    #>  2:     2             43,44,45,46,47,48,...  1093
    #>  3:     1             87,88,89,90,91,92,...    99
    #>  4:     3       695,696,697,795,796,797,...   380
    #>  5:     5 1551,1552,1553,1554,1650,1651,...  1363
    #>  6:     6 3171,3172,3173,3174,3175,3176,...  1048
    #>  7:     7 5921,5922,5923,5924,5925,5926,...  2377
    #>  8:     8 6169,6171,6269,6270,6271,6272,...   339
    #>  9:     9 6475,6575,6576,6675,6676,6677,...   264
    #> 10:    10 7980,7981,7982,7983,7984,7985,...   708
    
    • 3
  2. margusl
    2024-09-14T04:39:37+08:002024-09-14T04:39:37+08:00

    Com igraph::voronoi_cells(g, ...)$membership:

    library(igraph, warn.conflicts = FALSE)
    
    n_rows <- 10
    n_cols <- 5
    
    g <- make_lattice(dimvector = c(n_cols, n_rows))
    
    # Voronoi partitioning
    set.seed(42)
    V(g)$sub <- voronoi_cells(g, sample(V(g), 5), tiebreaker = "first")$membership
    
    # summary
    V(g)$names <- V(g)
    as_data_frame(g, what = "vertices") |> 
      dplyr::summarise(names = list(names), size = lengths(names), .by = sub)
    #>   sub                                                  names size
    #> 1   2                              1, 2, 3, 6, 7, 11, 12, 16    8
    #> 2   4                             4, 5, 8, 9, 10, 13, 14, 15    8
    #> 3   1 17, 21, 22, 26, 27, 28, 31, 32, 33, 36, 37, 38, 41, 42   14
    #> 4   3                     18, 19, 20, 23, 24, 25, 29, 30, 35    9
    #> 5   0             34, 39, 40, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50   11
    
    withr::with_par(
      list(mar = c(0, 0, 0, 0)),
      plot(g, 
           layout = layout_on_grid(g, width = n_cols), 
           # membership IDs are 0-based, hence +1 to subset colors
           vertex.color = c("red", "blue", "green", "yellow", "purple")[V(g)$sub + 1],
           vertex.label.color = "black",
           vertex.size = 15,
           edge.color = "gray")
    )
    

    Criado em 2024-09-13 com reprex v2.1.1

    • 3
  3. ThomasIsCoding
    2024-09-14T05:46:39+08:002024-09-14T05:46:39+08:00

    Eu diria que a sua bfsé uma boa abordagem para começar, e você pode usar bfscomo abaixo

    nrsubg <- 5
    gg <- g <- g %>%
      set_vertex_attr("name", value = seq.int(vcount(.)))
    szsubg <- diff(sort(c(0, vcount(g), sample(vcount(g) - 1, nrsubg - 1))))
    vlst <- setNames(vector("list", nrsubg), seq.int(nrsubg))
    for (i in seq_along(szsubg)) {
      vlst[[i]] <- names(head(bfs(gg, sample(V(gg)[which.min(degree(gg))], 1))$order, szsubg[i]))
      gg <- induced_subgraph(gg, V(gg)[!names(V(gg)) %in% vlst[[i]]])
    }
    g %>%
      set_vertex_attr("color", value = with(stack(vlst), ind[match(names(V(.)), values)])) 
    

    onde o tamanho de cada "mini gráfico" conectado é aleatório.

    visualização

    g %>% 
      plot(
        layout = layout,
        vertex.label = V(.)$name,
        vertex.label.color = "black",
        vertex.size = 15,
        edge.color = "gray",
        main = "Rectangular Undirected Network"
      )
    

    mostra algo como abaixo por exemplo

    insira a descrição da imagem aqui insira a descrição da imagem aqui insira a descrição da imagem aqui

    • 2

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