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DaniCee
Asked: 2024-09-03 11:33:57 +0800 CST

Crie um eixo x comum para vários gráficos em um cowplot

  • 772

Tenho vários gráficos feitos com ggplot2os quais organizo juntos usando cowplot. Todos eles têm o mesmo comprimento e um eixo x com as mesmas quebras nos mesmos lugares, mas com rótulos diferentes.

Este é um MWE:

mylist <- list()
mylist[["ID1"]][["sequence"]] <- "AGAATATTATACATTCATCT"
mylist[["ID2"]][["sequence"]] <- "GCTAGCGTTTAGTTTAGCTG"
mylist[["ID3"]][["sequence"]] <- "AACCCTTTAAACTCGAAGTA"
set.seed(123)
mylist[["ID1"]][["data"]] <- data.frame(time=1:100, value=rnorm(100, mean=10, sd=2))
mylist[["ID2"]][["data"]] <- data.frame(time=1:100, value=rnorm(100, mean=2, sd=1))
mylist[["ID3"]][["data"]] <- data.frame(time=1:100, value=rnorm(100, mean=5, sd=3))
indexes <- seq(5, 100, length.out=20)
all_df <- NULL
for (id in names(mylist)){
  seqsplit <- unlist(strsplit(mylist[[id]][["sequence"]], ""))
  ind_df <- data.frame(call=seqsplit, time=indexes)
  final_df <- dplyr::left_join(mylist[[id]][["data"]], ind_df, by="time")
  xcolors <- ifelse(seqsplit=="A", "green", ifelse(seqsplit=="C", "blue", ifelse(seqsplit=="G", "black", "red")))
  P <- ggplot2::ggplot(final_df, ggplot2::aes(x=time, y=value)) +
    ggplot2::geom_line(linewidth=0.5) +
    ggplot2::scale_x_continuous(breaks=indexes, labels=seqsplit, expand=c(0,1)) +
    ggplot2::scale_y_continuous(breaks=seq(-5, 15, 5), limits=c(-5,15)) +
    ggplot2::theme_light() +
    ggplot2::theme(axis.title=ggplot2::element_blank(),
                   axis.text.x=ggtext::element_markdown(face="bold", color=xcolors))
  mylist[[id]][["plot"]] <- P
}
plot_list <- sapply(mylist, "[", "plot")
grDevices::pdf(file="test.pdf", height=4, width=10)
print(
  cowplot::plot_grid(plotlist=plot_list, ncol=1)
)
grDevices::dev.off()

que produz:

fig1

O que eu quero fazer agora é criar um eixo x comum para todos, com o comum indexes(ou melhor, de 1 ao comprimento das sequências), que eu colocaria em cima do cowplot; algo assim:

fig2

Isso provavelmente envolveria criar uma régua de índices do eixo x separada e ggplot2com a mesma largura (levando em conta o espaço horizontal do eixo y e tudo mais) e, então, colocá-la cowplotcom a altura relativa apropriada... qualquer ajuda é bem-vinda!

1 respostas

  1. Best Answer

    Uma maneira é adicionar um eixo x secundário no topo do primeiro gráfico:

    for (id in names(mylist)){
...
  P <- ggplot(final_df, ggplot2::aes(x=time, y=value)) +
    geom_line(linewidth=0.5) +
    scale_y_continuous(breaks=seq(-5, 15, 5), limits=c(-5,15)) +
    theme_light() 
    

  if(id=="ID1") {
    P <- P + scale_x_continuous(breaks=indexes, labels=seqsplit, expand=c(0,1),
                                     sec.axis = sec_axis(~.,
                                                         breaks=indexes, labels=seq_along(indexes))) +
      theme(axis.title=element_blank(),
            axis.text.x.top = ggtext::element_markdown(color='white', fill="steelblue", 
                                                       padding=unit(c(1, 8, 1, 8), "pt")))
  }
  else {
    P <- P + scale_x_continuous(breaks=indexes, labels=seqsplit, expand=c(0,1)) +
      theme(axis.title=element_blank(),
            axis.text.x=ggtext::element_markdown(face="bold", color=xcolors))
  }

  mylist[[id]][["plot"]] <- P
}

    insira a descrição da imagem aqui

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