Olá, eu estava trabalhando em um arquivo Snakemake muito básico para ser executado hifiasm
; parece funcionar bem, mas, por algum motivo, no final da execução fui solicitado o seguinte:
Aguardando no máximo 5 segundos por arquivos perdidos. MissingOutputException na regra hifiasm no arquivo /home/usr/path/to/Snakefile, linha 13: Trabalho 1 concluído com sucesso, mas alguns arquivos de saída estão faltando. Arquivos ausentes após 5 segundos. Isso pode ser devido à latência do sistema de arquivos. Se for esse o caso, considere aumentar o tempo de espera com --latency-wait: INLUP00233.asm (ausente localmente, diretório pai não presente) Desligando, isso pode levar algum tempo. Saindo porque a execução de um trabalho falhou. Procure acima a mensagem de erro Log completo: .snakemake/log/2024-08-21T144851.077767.snakemake.log WorkflowError: Pelo menos um trabalho não foi concluído com êxito.
Este é o código que estou executando; alguém tem uma explicação sobre por que isso está acontecendo? Desde já, obrigado!
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# SNAKEMAKE PIPELINE — assembly #
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SAMPLES = ['INLUP00233']
rule all:
input:
expand("{sample}.asm", sample=SAMPLES)
rule hifiasm:
input:
hifi="{sample}.fastq.gz",
hic1="{sample}_1.fq.gz",
hic2="{sample}_2.fq.gz"
output:
"{sample}.asm"
threads: 16
shell:
"hifiasm -o {output} --h1 {input.hic1} --h2 {input.hic2} {input.hifi} -t {threads}"
Não estou familiarizado com o
hifiasm
, e apenas dei uma rápida olhada em seu documento. Se bem entendi você e o documento, você nunca esperavaINLUP00233.asm
ser criado, certo?Porque o Snakemake está procurando por esse arquivo, espera e diz "algo deu errado" porque a saída que você definiu não foi criada. Se você sabe quais sufixos (por exemplo, ".ovlp.source.bin") são criados, basta adaptar sua regra conforme abaixo
Esses arquivos poderiam mais uma vez ser a entrada para uma possível regra subsequente.