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Início / coding / Perguntas / 78901597
Accepted
Matteo
Matteo
Asked: 2024-08-22 20:32:41 +0800 CST2024-08-22 20:32:41 +0800 CST 2024-08-22 20:32:41 +0800 CST

Snakemake: MissingOutputException em regra hifiasm no arquivo /home/usr/path/to/Snakefile, linha 13

  • 772

Olá, eu estava trabalhando em um arquivo Snakemake muito básico para ser executado hifiasm; parece funcionar bem, mas, por algum motivo, no final da execução fui solicitado o seguinte:

Aguardando no máximo 5 segundos por arquivos perdidos. MissingOutputException na regra hifiasm no arquivo /home/usr/path/to/Snakefile, linha 13: Trabalho 1 concluído com sucesso, mas alguns arquivos de saída estão faltando. Arquivos ausentes após 5 segundos. Isso pode ser devido à latência do sistema de arquivos. Se for esse o caso, considere aumentar o tempo de espera com --latency-wait: INLUP00233.asm (ausente localmente, diretório pai não presente) Desligando, isso pode levar algum tempo. Saindo porque a execução de um trabalho falhou. Procure acima a mensagem de erro Log completo: .snakemake/log/2024-08-21T144851.077767.snakemake.log WorkflowError: Pelo menos um trabalho não foi concluído com êxito.

Este é o código que estou executando; alguém tem uma explicação sobre por que isso está acontecendo? Desde já, obrigado!

#####################################
#   SNAKEMAKE PIPELINE — assembly   #
#####################################

SAMPLES = ['INLUP00233']

rule all:
    input:
        expand("{sample}.asm", sample=SAMPLES)

rule hifiasm:
    input:
        hifi="{sample}.fastq.gz",
        hic1="{sample}_1.fq.gz",
        hic2="{sample}_2.fq.gz"

    output:
        "{sample}.asm"

    threads: 16

    shell: 
        "hifiasm -o {output} --h1 {input.hic1} --h2 {input.hic2} {input.hifi} -t {threads}"
python
  • 1 1 respostas
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    kEks
    2024-08-22T23:16:47+08:002024-08-22T23:16:47+08:00

    Não estou familiarizado com o hifiasm, e apenas dei uma rápida olhada em seu documento. Se bem entendi você e o documento, você nunca esperava INLUP00233.asmser criado, certo?

    Porque o Snakemake está procurando por esse arquivo, espera e diz "algo deu errado" porque a saída que você definiu não foi criada. Se você sabe quais sufixos (por exemplo, ".ovlp.source.bin") são criados, basta adaptar sua regra conforme abaixo

    output:
        "{sample}.asm.ovlp.source.bin"
    

    Esses arquivos poderiam mais uma vez ser a entrada para uma possível regra subsequente.

    • 1

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