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Início / coding / Perguntas / 78863535
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farrow90
farrow90
Asked: 2024-08-13 04:43:33 +0800 CST2024-08-13 04:43:33 +0800 CST 2024-08-13 04:43:33 +0800 CST

Porcentagem cumulativa em vários grupos

  • 772

Suponha que haja uma clínica hospitalar que tenha uma lista de quantos pacientes visitam o hospital todos os dias. Tenho dados de mais de 10 anos – mas os pacientes não visitam a clínica todos os dias. Para dar um exemplo, os dados ficam assim (em R):

library(dplyr)

set.seed(123)

start_date <- as.Date("2010-01-01")
end_date <- as.Date("2019-12-31")
all_dates <- seq.Date(start_date, end_date, by="day")

num_visits <- sample(1:length(all_dates), size = 3000, replace = FALSE)
visit_dates <- all_dates[num_visits]

num_patients <- sample(1:100, size = length(visit_dates), replace = TRUE)

clinic_data <- data.frame(date = visit_dates, num_patients = num_patients)

hospital_data <- clinic_data %>% arrange(date)

       date num_patients
 2010-01-01           90
 2010-01-02           96
 2010-01-04           65
 2010-01-05           80
 2010-01-06           15
 2010-01-07           87

Quero tentar responder à seguinte pergunta: Em média - para um determinado mês, qual a percentagem de todos os pacientes desse mês que visitaram a clínica por dia $y$? Por exemplo, suponha que em algum mês eu saiba que 900 pessoas visitaram o hospital - quero saber que até o dia 19, que porcentagem (cumulativamente) dessas 900 provavelmente já visitaram o hospital ATÉ ENTÃO, com base nas tendências anteriores?

Tentei fazer isso identificando manualmente diferentes etapas lógicas:

library(ggplot2)

hospital_data$year <- as.numeric(format(as.Date(hospital_data$date), "%Y"))
hospital_data$month <- as.numeric(format(as.Date(hospital_data$date), "%m"))
hospital_data$day <- as.numeric(format(as.Date(hospital_data$date), "%d"))

hospital_data <- hospital_data[order(hospital_data$date), ]

yearly_totals <- aggregate(num_patients ~ year, data = hospital_data, FUN = sum)
names(yearly_totals)[2] <- "yearly_total"

hospital_data <- merge(hospital_data, yearly_totals, by = "year")

results <- by(hospital_data, hospital_data$year, function(df) {
    df$cumulative_patients <- cumsum(df$num_patients)
    df$cumulative_percentage <- df$cumulative_patients / df$yearly_total * 100
    return(df)
})
results <- do.call(rbind, results)

avg_results <- aggregate(cumulative_percentage ~ day, data = results, FUN = mean, na.rm = TRUE)

avg_results <- avg_results[order(avg_results$day), ]

ggplot(avg_results, aes(x = day, y = cumulative_percentage)) +
    geom_line() +
    geom_point() +
    scale_x_continuous(breaks = seq(1, 31, by = 5)) +
    scale_y_continuous(limits = c(0, 100)) +
    labs(title = "Average Cumulative Percentage of Yearly Patients by Day",
         x = "Day of Month",
         y = "Average Cumulative Percentage of Patients") +
    theme_minimal() +
    theme(panel.grid.minor = element_blank())

Mas meu gráfico não está exibindo esta porcentagem cumulativa:

insira a descrição da imagem aqui

Alguém tem ideias de onde estou bagunçando isso?

EDITAR:

library(tidyverse)

result <- hospital_data %>%
  mutate(month = floor_date(date, "month"),
         day = day(date)) %>%
  group_by(month) %>%
  arrange(month, day) %>%
  mutate(month_total = sum(num_patients),
         cuml = cumsum(num_patients),
         cuml_pct = cuml / month_total) %>%
  ungroup() %>%
  group_by(day) %>%
  summarize(avg_cuml_pct = mean(cuml_pct, na.rm = TRUE)) %>%
  arrange(day)

result <- result %>%
  mutate(avg_cuml_pct = cummax(avg_cuml_pct))

ggplot(result, aes(day, avg_cuml_pct)) +
  geom_line() +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(), limits = c(0, 1)) +
  scale_x_continuous(breaks = seq(0, 31, by = 5)) +
  labs(x = "Day of Month", 
       y = "Average Cumulative Percentage of Monthly Patients",
       title = "Average Cumulative Patient Percentage by Day of Month") +
  theme_minimal()
  • 1 1 respostas
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1 respostas

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  1. Best Answer
    Jon Spring
    2024-08-13T08:28:50+08:002024-08-13T08:28:50+08:00

    Talvez algo assim? Cada uma das linhas cinza claro representa a porcentagem cumulativa de pacientes em cada mês, por dia. A linha escura é uma média não ponderada dessas médias. Você pode querer uma média ponderada, mas não há muita diferença aqui, dados os muitos meses com escala semelhante.

    library(tidyverse)
    hospital_data |>
      mutate(month = floor_date(date, "month"),
             day = day(date)) |>
      mutate(cuml = cumsum(num_patients),
             cuml_pct = cuml / sum(num_patients), .by = month) |>
      ggplot(aes(day, cuml_pct)) +
      geom_line(aes(group = month), alpha = 0.1) +
      geom_line(data = ~summarize(., cuml_pct = mean(cuml_pct), .by = day))
    

    insira a descrição da imagem aqui

    Ou poderíamos fazer o mesmo de forma ponderada, mas observe que como alguns meses têm 31 dias, isso sugerirá que precisamos até o dia 31 de qualquer mês (mesmo aqueles com 28/29/30 dias) para chegar a 100%.

    hospital_data |>
      mutate(day = day(date)) |>
      count(day, wt = num_patients) |> # = summarize(n = sum(num_patients), .by = day)
      arrange(day) |>
      mutate(cuml_pct = cumsum(n)/sum(n)) |>
      ggplot(aes(day, cuml_pct)) +
      geom_line()
    

    insira a descrição da imagem aqui

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