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nicholaspooran
Asked: 2024-08-03 13:53:26 +0800 CST

Rótulos em ggplot2 estão colocando pontos errados ao adicionar rótulos de texto

  • 772

Estou tentando adicionar rótulos de texto a pontos em um gráfico de dispersão usando ggplot2 em R. No entanto, depois de adicionar os rótulos de texto, os pontos associados a esses rótulos estão sendo perdidos. Aqui está uma versão simplificada do meu código:

library(ggplot2)
library(ggrepel)
library(dplyr)

df = data.frame(structure(list(FC = c(4.712, 4.8264, 0.078026, 0.098754, 11.612, 
0.21181, 6.1715, 0.15113, 0.19936, 0.23572, 0.23564, 6.9851, 
5.2465, 12.641, 4.4164, 0.24834, 7.4598, 5.1384, 0.18861, 0.24986
), log2FC = c(2.2363, 2.271, -3.6799, -3.34, 3.5375, -2.2391, 
2.6256, -2.7261, -2.3266, -2.0849, -2.0853, 2.8043, 2.3914, 3.6601, 
2.1429, -2.0096, 2.8991, 2.3613, -2.4065, -2.0008), Identifier = 1:20), row.names = c("3-Indoleacetic acid", 
"4-Hydroxyphenylpyruvic acid", "Adenine", "Adenosine", "alpha-Ketoglutaric acid", 
"C10", "C18:1OH", "Deoxyadenosine", "Deoxycytidine", "Deoxyguanosine", 
"Histamine", "Homocitrulline", "Indolelactic acid", "Kynurenine", 
"Leucine", "LysoPC a C20:4", "N-Acetylputrescine", "Phenylalanine", 
"Phenylethylamine", "Spermidine"), class = "data.frame"))


show.names = c("Kynurenine", "alpha-Ketoglutaric acid", "N-Acetylputrescine", "Homocitrulline", "C18:1OH", "Deoxycytidine", "Phenylethylamine", "Deoxyadenosine", "Adenosine", "Adenine")

p1 = ggplot(df, aes(x = Identifier, y = log2FC)) +
     geom_point(aes(color = log2FC >= 0)) +
     scale_color_manual(name = "Group", values = c("red", "blue"), labels = c("Down", "Up")) +
     geom_text_repel(data = df[rownames(df) %in% show.names,], aes(label = show.names)) +
     geom_hline(yintercept = 0, linetype = "solid") +
     labs(x = "Compounds", y = "Log2 Fold Change") + theme_minimal()
p1

saída

No gráfico resultante, os pontos não estão alinhados corretamente com seus rótulos. Por exemplo, "Quinurenina" tem valores positivos (3,6601), mas são exibidos na área de valor negativo (próximo de -4) do gráfico

Alguém poderia me ajudar a entender por que os pontos ficam perdidos quando adiciono rótulos de texto e como posso corrigir esse problema?

1 respostas

  1. Best Answer

    O problema com pontos desalinhados e rótulos de texto em seu gráfico ggplot2 parece ser devido à forma como os rótulos estão sendo atribuídos na função geom_text_repel. Especificamente, o vetor show.names não está diretamente alinhado com as linhas do quadro de dados, fazendo com que os rótulos de texto sejam mal colocados.

    Para corrigir isso, você deve usar o rótulo estético em geom_text_repel e garantir que ele corresponda corretamente às linhas com base em seus nomes.

    ggplot(df, aes(x = Identifier, y = log2FC)) +
     geom_point(aes(color = log2FC >= 0)) +
     scale_color_manual(name = "Group", values = c("red", "blue"), labels = c("Down", "Up")) +
     geom_text_repel(data = subset(df, rownames(df) %in% show.names), aes(label = rownames(subset(df, rownames(df) %in% show.names)))) +
     geom_hline(yintercept = 0, linetype = "solid") +
     labs(x = "Compounds", y = "Log2 Fold Change") + 
     theme_minimal()

    saída

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