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Samuel Morrison
Asked: 2024-07-25 23:05:18 +0800 CST

Nextflow: channel.fromFilePairs() Pós-processamento do mapa

  • 772

Tenho uma pergunta sobre channel.fromFilePairs() . Eu tenho o seguinte script nextflow:

params.reads = "/path/to/my_reads/sample03_L001_R{1,2}_001.fastq.gz"

my_reads_ch = channel.fromFilePairs(params.reads)

println "reads: $my_reads_ch"

O script imprime [sample03_L001_R, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]].

A saída desejada é [sample03, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]].

Como faço para remover o "_L001_R"?

eu tentei

canal.fromFilePairs(params.reads).map{it[0] - /_\w+/, it[1]}

Isso me dá um ERRO: invocação de método desconhecido 'negativo' no tipo Padrão.

Alguma sugestão? Muito obrigado

groovy

1 respostas

  1. Best Answer

    Você só precisa usar o operador til para primeiro criar um objeto padrão:

    Channel
    .fromFilePairs( params.reads )
    .map { sample, reads -> tuple( sample - ~/_\w+$/, reads ) }
    .view()

    Uma maneira melhor seria definir melhor seu padrão glob inicial e deixar o fromFilePairsoperador retirar o sufixo para você. Por exemplo:

    params.reads = "/path/to/my_reads/*_L001_R{1,2}_001.fastq.gz"

Channel
    .fromFilePairs( params.reads )
    .view()

    Resultados:

    $ nextflow run main.nf 

 N E X T F L O W   ~  version 24.04.3

Launching `main.nf` [golden_wescoff] DSL2 - revision: f7979e483d

[sample01, [/path/to/my_reads/sample01_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample01_L001_R2_001.fastq.gz]]
[sample03, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]]
[sample02, [/path/to/my_reads/sample02_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample02_L001_R2_001.fastq.gz]]
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