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zhang
Asked: 2024-05-29 15:40:04 +0800 CST

Substituir o método de subconjunto em R para uma classe específica interfere em outros objetos

  • 772

Estou trabalhando com R e criei um novo subsetmétodo para objetos da classe new_object. Aqui está minha função:

setGeneric('subset', function(x, i) standardGeneric('subset'))
setMethod('subset', 'new_object', function(x, i) { 
    # ... my code ...
    # subset new_object

})

Isso funciona perfeitamente para new_object. No entanto, parece interferir na operação de subconjuntos de outros objetos, como seuratobjetos. Recebo um erro quando tento criar um subconjunto de um objeto seurat depois de carregar meu novo método de subconjunto.

The inheritance method for the 'subset' function with the 'Seurat' tag could not be found.

Gostaria que o método de subconjunto funcionasse normalmente para todos os outros tipos de objetos, exceto para new_object, para os quais desejo usar meu novo método de subconjunto.

Como posso definir um novo método de subconjunto para uma classe específica sem afetar outros objetos em R?

1 respostas

  1. Best Answer

    Em um R limpo e recém-aberto, execute subset sem as chaves para ver o que é esse objeto

    > subset
function (x, ...) 
UseMethod("subset")
<bytecode: 0x0000019b6e422730>
<environment: namespace:base>

    Portanto, esta é uma função genérica do S3 com argumentos xe ...reside em package base. Assim, ao chamar setGeneric('subset', function(x, i) standardGeneric('subset')), você cria uma nova função genérica com argumentos x, ique é diferente dos argumentos existentesx , ...definidos subsetem package base.
    A solução é chamar setGeneric("subset")para fazer com que a função existente ( subsetno pacote base) se torne uma função genérica S4.

    > setGeneric("subset")
> setClass("new_object")
> setMethod("subset", "new_object", function(x, i) { 
    # ... your code here ...
    # subset new_object
    # below is an example
    print(x)
})

> subset
standardGeneric for "subset" defined from package "base"

function (x, ...) 
standardGeneric("subset")
<environment: 0x000001f4839ab3b8>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods(subset)  for currently available ones.

> showMethods("subset", includeDefs = TRUE)
Function: subset (package base)
x="ANY"
function (x, ...) 
UseMethod("subset")


x="new_object"
function (x, ...) 
{
    .local <- function (x, i) 
    {
        print(x)
    }
    .local(x, ...)
}

    Como você pode ver em showMethods("subset", includeDefs = TRUE), quando você chama esse S4 subsetcom xclasse new_object, ele será despachado para seus métodos personalizados. Chamando com qualquer outra classe, utilizará o mecanismo de despacho S3 existente (ou seja, UseMethod).

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