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Início / coding / Perguntas / 78357478
Accepted
Umar
Umar
Asked: 2024-04-20 16:17:45 +0800 CST2024-04-20 16:17:45 +0800 CST 2024-04-20 16:17:45 +0800 CST

Como criar um mapa de calor combinado em Python usando matplotlib com dados normalizados e valores originais de teste t?

  • 772

Eu tenho um DataFrame contendo vários recursos junto com seus resultados de teste t e valores p associados. Meu objetivo é gerar um mapa de calor combinado em Python usando Seaborn. Neste mapa de calor, uma seção deve exibir os recursos com dados normalizados usando pontuações z (para garantir a visibilidade dos valores altos e baixos), enquanto a outra seção deve apresentar os valores originais do teste t e valores p.

Pretendo criar um único mapa de calor com esquemas de cores distintos para cada seção para diferenciá-las claramente. No entanto, minhas tentativas de traçar dois mapas de calor separados e combiná-los resultaram em gráficos separados, em vez de um mapa de calor unificado.

Alguém poderia me orientar sobre como criar um único mapa de calor combinado onde ambas as seções aparecem anexadas?

Aqui está o código que tentei até agora: import pandas as pd import numpy as np import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import gridspec

# Example DataFrame
data = {
    'Feature1': np.random.randn(10),
    'Feature2': np.random.randn(10),
    'Feature3': np.random.randn(10),
    't test': np.random.randn(10),
    'p value': np.random.rand(10)
}

df = pd.DataFrame(data)

# Drop the last two columns
df_heatmap = df.iloc[:, :-2]

# Calculate z-scores for the DataFrame
df_heatmap_zscore = (df_heatmap - df_heatmap.mean()) / df_heatmap.std()

# Set up the layout
fig = plt.figure(figsize=(12, 8))
gs = gridspec.GridSpec(1, 4, width_ratios=[1, 1, 0.05, 0.05])  # 4 columns: 2 for heatmaps, 2 for colorbars

# Heatmap for the DataFrame excluding t-test and p-value columns
ax1 = plt.subplot(gs[0])
sns.heatmap(df_heatmap_zscore, cmap='coolwarm', annot=True, cbar=False)
plt.title('Heatmap without t-test and p-value')

# Heatmap for t-test p-values
ax2 = plt.subplot(gs[1])
sns.heatmap(df[['t test', 'p value']], cmap='viridis', annot=True, fmt=".4f", cbar=False, ax=ax2)
plt.title('Heatmap for t-test p-values')

# Create a single colorbar for the z-score
cbar_ax1 = plt.subplot(gs[2])
cbar1 = plt.colorbar(ax1.collections[0], cax=cbar_ax1, orientation='vertical')
cbar1.set_label('Z-score')

# Create a single colorbar for the t-test p-values
cbar_ax2 = plt.subplot(gs[3])
cbar2 = plt.colorbar(ax2.collections[0], cax=cbar_ax2, orientation='vertical')
cbar2.set_label('p-value')

plt.tight_layout()
plt.show()

insira a descrição da imagem aqui

Existe uma maneira de combinar esses mapas de calor em um único gráfico, para que apareçam anexados e tenham padrões de cores e barras de legenda diferentes?

insira a descrição da imagem aqui

python
  • 1 1 respostas
  • 42 Views

1 respostas

  • Voted
  1. Best Answer
    Muhammed Yunus
    2024-04-20T17:17:45+08:002024-04-20T17:17:45+08:00

    Para a figura abaixo, adicionei cada eixo em sequência usando fig.add_axes(em vez de gridspec), pois estou mais familiarizado com esse método.

    insira a descrição da imagem aqui

    from matplotlib import pyplot as plt
    import seaborn as sns
    
    import pandas as pd
    import numpy as np
    
    # Example DataFrame
    data = {
        'Feature1': np.random.randn(10),
        'Feature2': np.random.randn(10),
        'Feature3': np.random.randn(10),
        't test': np.random.randn(10),
        'p value': np.random.rand(10)
    }
    df = pd.DataFrame(data)
    
    # Drop the last two columns
    df_heatmap = df.iloc[:, :-2]
    
    # Calculate z-scores for the DataFrame
    df_heatmap_zscore = (df_heatmap - df_heatmap.mean()) / df_heatmap.std()
    
    # Set up the layout
    fig = plt.figure(figsize=(12, 5))
    heatmap1_width = 0.15
    heatmap2_width = 0.1
    cbar1_left_gap = 0.015
    cbar2_left_gap = 0.06
    cbar_width = 0.02
    start_x = 0
    
    heatmap_kwargs = dict(annot=True, cbar=False, annot_kws={'size': 9})
    
    # Heatmap for the DataFrame excluding t-test and p-value columns
    ax1 = fig.add_axes([start_x, 0, heatmap1_width, 1])
    sns.heatmap(df_heatmap_zscore, cmap='coolwarm', ax=ax1, **heatmap_kwargs)
    ax1.set_title('Heatmap without\nt-test and p-value', fontsize=10)
    start_x += heatmap1_width
    
    # Heatmap for t-test p-values
    ax2 = fig.add_axes([start_x, 0, heatmap2_width, 1])
    sns.heatmap(df[['t test', 'p value']], cmap='viridis', fmt=".4f", ax=ax2, **heatmap_kwargs)
    ax2.tick_params(axis='y', left=False, labelleft=False) #no ticks on ax2
    ax2.set_title('Heatmap for\nt-test p-values', fontsize=10)
    start_x += heatmap2_width
    
    #rotate if desired & remove tick marks
    [ax.tick_params(axis='x', rotation=45, bottom=False) for ax in [ax1, ax2]]
    
    #Colorbar 1
    cax1 = fig.add_axes([start_x + cbar1_left_gap, 0, cbar_width, 1])
    cbar1 = plt.colorbar(ax1.collections[0], cax=cax1, orientation='vertical')
    cbar1.set_label('Z-score', size=9)
    start_x += cbar1_left_gap + cbar_width
    
    #Colorbar 2
    cax2 = fig.add_axes([start_x + cbar2_left_gap, 0, cbar_width, 1])
    cbar2 = plt.colorbar(ax2.collections[0], cax=cax2, orientation='vertical')
    cbar2.set_label('p-value', size=9)
    
    • 1

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