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Accepted
Bachi Shashikadze
Asked: 2024-03-27 18:11:29 +0800 CST

Diagrama de Sankey em R & plotly: conexões inesperadas

  • 772

Estou tentando construir um gráfico Sankey com três camadas em R usando o pacote plotly (plotly_4.10.2). Embora as conexões da origem ao destino pareçam razoáveis ​​a partir dos dados de "links", o próprio gráfico exibe as conexões incorretamente.

Por exemplo, "example.data" -> Gene3-Treatment- Catogory2 é exibido como Gene3-Treatment- Category1 , Connections for Gene8 também está errado. Devo fazer alguma reorganização dos rótulos antes de plotar?

Captura de tela do enredo

insira a descrição da imagem aqui

library(plotly)

# this is an example data

example.data <- data.frame(
  genes = c("Gene1", "Gene2", "Gene3", "Gene4", "Gene5", "Gene6", "Gene7", "Gene8", "Gene9"),
  conditions = c("Control", "Control", "Treatment", "Treatment", "Treatment", "Treatment", "Treatment", "Treatment", "Treatment"),
  category = c("Category1", "Category1", "Category2", "Category2", "Category2", "Category2", "Category2", "Category1", "Category2")
)

nodes <- data.frame(name = unique(c(as.character(example.data$genes),
                                    as.character(example.data$conditions),
                                    as.character(example.data$category))))

links <- data.frame(source = match(example.data$genes, nodes$name) - 1,
                    target = match(example.data$conditions, nodes$name) - 1,
                    stringsAsFactors = FALSE)

links <- rbind(links,
               data.frame(source = match(example.data$conditions, nodes$name) - 1,
                          target = match(example.data$category, nodes$name) - 1,
                          stringsAsFactors = FALSE))


plotly::plot_ly(
  type = "sankey",
  domain = list(x =  c(0,1),
                y =  c(0,1)),
  orientation = "h",
  customdata = nodes$name,
  node = list(
    label = nodes$name,
    pad = 15,
    thickness = 15,
    line = list(color = "black",
                width = 0.5)),
  link = list(source = links$source,
              target = links$target,
              value =   rep(1, nrow(links))
  ))

2 respostas

  1. Best Answer

    Talvez tente traçar nesta ordem condition -> genes -> category::

    nodes <- unique(unlist(example.data))

links <- list(
  source = c(match(example.data$conditions, nodes) - 1, 
             match(example.data$genes, nodes) - 1),
  target = c(match(example.data$genes, nodes) - 1,
             match(example.data$category, nodes) - 1),
  value = rep(1, nrow(example.data) * 2))

plot_ly(type = "sankey",
        node = list(label = nodes),
        link = links)

    insira a descrição da imagem aqui

    • 1

  2. As conexões estão realmente corretas, o diagrama de Sankey exibe os fluxos entre o Estado 1 (nó de origem) genese o Estado 2 (nó de destino) conditionse então, separadamente, os fluxos entre o Estado 2 conditionse o Estado 3 category.

    Faz mais sentido se você passar o mouse sobre os fluxos, verá que, por exemplo, um valor de Treatmentfoi para Category1. No entanto, só porque o fluxo parece estar vinculado Gene3não significa necessariamente que esteja:

    insira a descrição da imagem aqui

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