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Daniel D. Sjoberg
Asked: 2023-10-11 03:44:27 +0800 CST

Envolvendo classes S3 usando S7

  • 772

Estou tentando usar o novo S7 OOP que está sendo apresentado ao R ( https://github.com/RConsortium/S7 ). Eu gostaria de usar o S7 para agrupar um método S3 para o operador unário |.

Tenho um objeto class "ggsurvfit"e gostaria de definir três novos métodos:

`|`(ggsurvfit, ggsurvfit)
`|`(ggsurvfit, ggplot)
`|`(ggplot, ggsurvfit)

Algumas semanas atrás, tive a sorte de estar na mesma sala com Hadley Wickham (que faz parte da equipe R Consortium que desenvolve o S7) e ele gentilmente me forneceu o código abaixo para encapsular o método S3 usando S7. (Eu adicionei a string de texto retornada para sua informação)


method(`|`, list(new_S3_class("ggsurvfit"), new_S3_class("ggsurvfit"))) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggsurvfit|ggsurvfit"
}
method(`|`, list(new_S3_class("ggsurvfit"), new_S3_class("ggplot"))) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggsurvfit|ggplot"
}
method(`|`, list(new_S3_class("ggplot"), new_S3_class("ggsurvfit"))) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggplot|ggsurvfit"
}

O problema que estou tendo é que não consigo iniciar/acionar esses métodos. No exemplo abaixo, eu esperava/esperava que a operação retornasse a string "This is ggsurvfit|ggplot". O que estou perdendo aqui? OBRIGADO!

library(ggsurvfit)
#> Loading required package: ggplot2

S7::method(`|`, list(S7::new_S3_class("ggsurvfit"), S7::new_S3_class("ggplot"))) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggsurvfit|ggplot"
}

plot1 <- 
  survfit2(Surv(time, status) ~ sex, data = df_lung) |> 
  ggsurvfit() +
  add_risktable()
class(plot1)
#> [1] "ggsurvfit" "gg"        "ggplot"

plot2 <- 
  ggplot(mtcars, aes(mpg, cyl)) +
  geom_point()
class(plot2)
#> [1] "gg"     "ggplot"

ret <- plot1 | plot2
#> Error in plot1 | plot2: operations are possible only for numeric, logical or complex types

Criado em 10/10/2023 com reprex v2.0.2

1 respostas

  1. Best Answer

    Acho que o problema é que |não é um método S7 e "ggsurvfit"não é uma classe S7. Os documentos dizem sobre method<-isso

    esta não é uma função de registro de método geral: pelo menos um genérico e de assinatura precisa ser de S7 .

    Agrupar uma classe S3 existente new_S3_classnão a torna uma classe S7 - apenas declara que a classe que você deseja usar é S3. Como você provavelmente não deseja criar |um S7 genérico, sua melhor opção pode ser agrupar seu ggsurvfit em uma classe S7. Isso parece funcionar:

    library(S7)
library(ggsurvfit)
#> Loading required package: ggplot2

ggsurvfit_S7 <- new_class("ggsurvfit_S7",
                   properties = list(
                     obj = new_S3_class("ggsurvfit")
                   )
)

method(`|`, list(ggsurvfit_S7, new_S3_class("ggplot"))) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggsurvfit|ggplot"
}

method(`|`, list(new_S3_class("ggplot"), ggsurvfit_S7)) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggplot|ggsurvfit"
}

method(`|`, list(ggsurvfit_S7, ggsurvfit_S7)) <- function(e1, e2) { 
  "This is ggsurvfit|ggsurvfit"
}

    Claro, você precisará criar o ggsurvfitwrapper para este exemplo. Na produção, você provavelmente reescreveria ggsurvfit para ser uma classe S7, mas isso lhe dá a ideia:

    plot1 <- ggsurvfit_S7(
  obj = survfit2(Surv(time, status) ~ sex, data = df_lung) |> 
        ggsurvfit() +
        add_risktable()
  )

plot2 <- ggplot(mtcars, aes(mpg, cyl)) + geom_point()

    Mas o comportamento correto é observado:

    plot1 | plot2
#> [1] "This is ggsurvfit|ggplot"

plot2 | plot1
#> [1] "This is ggplot|ggsurvfit"

plot1 | plot1
#> [1] "This is ggsurvfit|ggsurvfit"

    Claro, você precisará definir um printmétodo para o seu wrapper, mas isso parece muito simples no S7

    method(print, ggsurvfit_S7) <- function(x, ...) print(x@obj, ...)

plot1

    insira a descrição da imagem aqui

    Criado em 10/10/2023 com reprex v2.0.2

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