主页 / computer / 问题

问题[r](computer)

Martin Hope
Evangelos Con
Asked: 2020-10-08 17:07:01 +0800 CST
  • 5

我是一个新的 emacs 用户。我正在尝试在 spacemacs 中设置我的 R 环境。我在我的 dotfile 中添加了 ESS 层，但是当我在 R 中编写脚本时，我无法连接 LSP 以完成等操作。我不断收到 r-lsp 未连接的消息。

我有两个 R 安装（一个用于整个系统，一个用于 anaconda 包管理器）。我希望 ESS 与第一个安装了语言服务器的服务器一起工作。

我已经为我想要的安装设置了“inferior-R-program”变量。因此，当我在 emacs 中使用终端时，会调用正确的 R 安装。

任何帮助将不胜感激。基本上，当我在 R 中编写脚本时，我想获得 IDE 功能。

编辑：我的配置文件的相关部分（.spacemacs）

(dotspacemacs-configuration-layers
 '(lsp
 (ess :variables
      ess-r-backend 'lsp
      inferior-R-program "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R")
      ))
r emacs
Martin Hope
Yacila
Asked: 2019-11-12 10:45:20 +0800 CST
  • 5

我正在尝试在 R 中绘制纵向数据。我的数据框具有以下形式：

participant_ID group S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8
1 ctrl 14.00 14.00 13.00 13.00 7.00 8.00 4.00 1.00
2 drug 2.00 13.00 13.00 16.00 14.00 6.00 6.00 6.00
3 ctrl 27.00 28.00 29.00 35.00 30.00 17.00 17.00 18.00
4 drug 17.00 14.00 8.00 15.00 14.00 5.00 16.00 13.00
5 药品 8.00 2.00 29.00 27.00 8.00 6.00 7.00 7.00

……

我有 8 个时间点（“S”）。我想要一个图表，其中两条线代表组和代表跨时间点（从 S1 到 S8）的度量演变的线。我试图使用 plot.ts (My_data[,3:10])，但是通过这个命令，我得到了与单个时间点相对应的单独图表。有人有其他建议吗？

亿达

r database
Martin Hope
Victor Kong
Asked: 2019-11-09 17:55:39 +0800 CST
  • 9

我已经安装了 TinyTeX，现在正在尝试将通用的“Untitled.Rmd”文件编织成 PDF，

> install.packages("tinytex")
> tinytex::install_tinytex()

> options(tinytex.verbose = TRUE)
> rmarkdown::render("Untitled.Rmd", output_format = "pdf_document")

返回此错误消息：

tlmgr search --file --global "/grffile.sty"
! LaTeX Error: File `grffile.sty' not found.

! Emergency stop.
<read *>

Error: Failed to compile Untitled.tex. See https://yihui.name/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See Untitled.log for more info.
In addition: Warning message:
In parse_packages(logfile, quiet = c(TRUE, FALSE, FALSE)) :
  Failed to find a package that contains grffile.sty

我已经尝试安装该软件包，但这似乎没有帮助。

> tinytex::tlmgr_install("grffile")

其他人遇到过这个问题吗？到目前为止，当第二个 LaTeX 发行版不存在时，我已经能够在 Windows 和 MacOS 上重现此错误。

r latex
Martin Hope
Omar Omeiri
Asked: 2019-09-05 17:23:59 +0800 CST
  • 7

我使用的是运行 High Sierra 的 Macbook Pro。

起初，我创建了一个 R 虚拟环境：

conda create -n R r-essentials r-base

然后我在新环境中安装了 Java JDK：

conda install -c cyclus java-jdk

我不知道为什么，但每当我激活 R 环境时，它一直提示我安装 JDK。

然后我安装了 Jupyter Notebook 和 Jupyter Lab：

conda install jupyter notebook
conda install jupyterlab

但是当我用 R 运行 jupyter lab 时，它没有显示语法突出显示所有空白文本。不过它适用于 Jupyter Notebook。

这个问题的根源可能是什么？

任何帮助将非常感激。

谢谢！！

截屏

r syntax-highlighting
Martin Hope
CashCab1221
Asked: 2019-08-31 09:25:11 +0800 CST
  • 8

我有来自三台不同机器的一些数据，并希望有一个散点图，其中每个点显示每只动物的点。我一直在使用 plot() 作为第一组，然后使用 points() 添加另外两个。即使有不同的颜色或透明度，数据也太近了，无法看到它们彼此堆叠在一起。有没有办法将通过点（）绘制的数据稍微向右移动，以便它们对每只动物都是可见的？

在此处输入图像描述

r
Martin Hope
jjhold
Asked: 2019-08-15 07:32:43 +0800 CST
  • 5

我收到以下错误，我相信它与nlrx，因为模型将在 NetLogo 中运行，现在 NetLogo 问题的 R 扩展已经解决。r.jar 和 jna-4.2.2.jar 文件都在那里。当我尝试在 R 中启动模拟时几乎立即生成错误。

R 的nlrx包在 Netlogo 中运行模拟，它使用 R 中 GAMS 的非线性求解器，使用 NetLogo 的 R 扩展来选择活动。我已经在 linux 环境中成功地使用了该模型，因此该过程有效。NetLogo 模型将在 NetLogo 中运行，我认为这意味着 R 扩展已正确设置。

有任何想法吗？

C:\Users\zejas\AppData\Roaming\NetLogo\6.1\extensions\r>ls
GPL.txt  jna-4.2.2.jar  models  r.jar  user.properties

PS C:\Users\zejas> gci env:

Name                           Value
----                           -----
ALLUSERSPROFILE                C:\ProgramData
APPDATA                        C:\Users\zejas\AppData\Roaming
CLASSPATH                      C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_221\jre\lib\ext
CommonProgramFiles             C:\Program Files\Common Files
CommonProgramFiles(x86)        C:\Program Files (x86)\Common Files
CommonProgramW6432             C:\Program Files\Common Files
COMPUTERNAME                   DESKTOP-HM68BSI
ComSpec                        C:\Windows\system32\cmd.exe
DriverData                     C:\Windows\System32\Drivers\DriverData
FPS_BROWSER_APP_PROFILE_STRING Internet Explorer
FPS_BROWSER_USER_PROFILE_ST... Default
HOMEDRIVE                      C:
HOMEPATH                       \Users\zejas
JAVA_HOME                      C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_221\
LOCALAPPDATA                   C:\Users\zejas\AppData\Local
LOGONSERVER                    \\DESKTOP-HM68BSI
netlogo                        C:\Program Files\NetLogo 6.1.0\app\netlogo-6.1.0.jar
NUMBER_OF_PROCESSORS           8
OneDrive                       C:\Users\zejas\OneDrive
OS                             Windows_NT
Path                           C:\Program Files (x86)\Common Files\Oracle\Java\javapath;C:\ProgramData\Oracle\Java;C...
PATHEXT                        .COM;.EXE;.BAT;.CMD;.VBS;.VBE;.JS;.JSE;.WSF;.WSH;.MSC;.CPL
PROCESSOR_ARCHITECTURE         AMD64
PROCESSOR_IDENTIFIER           Intel64 Family 6 Model 94 Stepping 3, GenuineIntel
PROCESSOR_LEVEL                6
PROCESSOR_REVISION             5e03
ProgramData                    C:\ProgramData
ProgramFiles                   C:\Program Files
ProgramFiles(x86)              C:\Program Files (x86)
ProgramW6432                   C:\Program Files
PSModulePath                   C:\Users\zejas\Documents\WindowsPowerShell\Modules;C:\Program Files\WindowsPowerShell...
PUBLIC                         C:\Users\Public
R                              C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.3\bin\x64\R.exe
R_HOME                         C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.3
R_LIBS                         C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.3\library
R_LIBS_USER                    C:\Users\zejas\Documents\R\win-library\3.5
RPATH                          C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.3\bin\x64
rtools_path                    C:\Rtools\bin
SESSIONNAME                    Console
SystemDrive                    C:
SystemRoot                     C:\Windows
TEMP                           C:\Users\zejas\AppData\Local\Temp
TMP                            C:\Users\zejas\AppData\Local\Temp
USERDOMAIN                     DESKTOP-HM68BSI
USERDOMAIN_ROAMINGPROFILE      DESKTOP-HM68BSI
USERNAME                       zejas
USERPROFILE                    C:\Users\zejas
windir                         C:\Windows

> utils::sessionInfo() 
R version 3.5.3 (2019-03-11) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)  

Matrix products: default  

locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252      

attached base packages: [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base       

other attached packages: [1] nlrx_0.2.0           RevoUtils_11.0.3     RevoUtilsMath_11.0.0  

loaded via a namespace (and not attached):  [1] Rcpp_1.0.1       XML_3.98-1.19    crayon_1.3.4     dplyr_0.8.0.1    assertthat_0.2.1 R6_2.4.0          [7] magrittr_1.5     pillar_1.3.1     miscTools_0.6-22 rlang_0.3.4      rstudioapi_0.10  tools_3.5.3      [13] readr_1.3.1      glue_1.3.1       purrr_0.3.2      hms_0.4.2        compiler_3.5.3   pkgconfig_2.0.2  [19] tidyselect_0.2.5 tibble_2.1.1
>



> results <- run_nl_one(nl, seed=1,siminputrow = 1)
Error loading native library: Unable to load library 'msvcr120': Native library (win32-x86-64/msvcr120.dll) not found in resource path ([file:/C:/Users/zejas/AppData/Roaming/NetLogo/6.1/extensions/r/r.jar, file:/C:/Users/zejas/AppData/Roaming/NetLogo/6.1/extensions/r/jna-4.2.2.jar, file:/C:/Users/zejas/AppData/Roaming/NetLogo/6.1/extensions/r/r.jar])
java.lang.UnsatisfiedLinkError: Unable to load library 'msvcr120': Native library (win32-x86-64/msvcr120.dll) not found in resource path ([file:/C:/Users/zejas/AppData/Roaming/NetLogo/6.1/extensions/r/r.jar, file:/C:/Users/zejas/AppData/Roaming/NetLogo/6.1/extensions/r/jna-4.2.2.jar, file:/C:/Users/zejas/AppData/Roaming/NetLogo/6.1/extensions/r/r.jar])
    at com.sun.jna.NativeLibrary.loadLibrary(NativeLibrary.java:277)
    at com.sun.jna.NativeLibrary.getInstance(NativeLibrary.java:403)
    at com.sun.jna.Library$Handler.<init>(Library.java:147)
    at com.sun.jna.Native.loadLibrary(Native.java:502)
    at com.sun.jna.Native.loadLibrary(Native.java:481)
    at org.nlogo.extension.r.Entry.<clinit>(Entry.java:100)
    at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:62)
    at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45)
    at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:423)
    at java.lang.Class.newInstance(Class.java:442)
    at org.nlogo.workspace.JarLoader.extensionClassManager(JarLoader.scala:48)
    at org.nlogo.workspace.ExtensionManager.$anonfun$importExtension$8(ExtensionManager.scala:159)
    at scala.Option.getOrElse(Option.scala:138)
    at org.nlogo.workspace.ExtensionManager.importExtension(ExtensionManager.scala:157)
    at org.nlogo.parse.StructureParser$.$anonfun$parsingWithExtensions$1(StructureParser.scala:74)
    at org.nlogo.parse.StructureParser$.$anonfun$parsingWithExtensions$1$adapted(StructureParser.scala:68)
    at scala.collection.immutable.List.foreach(List.scala:392)
    at org.nlogo.parse.StructureParser$.parsingWithExtensions(StructureParser.scala:68)
    at org.nlogo.parse.StructureParser$.parseSources(StructureParser.scala:33)
    at org.nlogo.parse.NetLogoParser.basicParse(NetLogoParser.scala:17)
    at org.nlogo.parse.NetLogoParser.basicParse$(NetLogoParser.scala:15)
    at org.nlogo.parse.FrontEnd$.basicParse(FrontEnd.scala:10)
    at org.nlogo.parse.FrontEndMain.frontEnd(FrontEnd.scala:26)
    at org.nlogo.parse.FrontEndMain.frontEnd$(FrontEnd.scala:25)
    at org.nlogo.parse.FrontEnd$.frontEnd(FrontEnd.scala:10)
    at org.nlogo.compile.CompilerMain$.compile(CompilerMain.scala:43)
    at org.nlogo.compile.Compiler.compileProgram(Compiler.scala:54)
    at org.nlogo.headless.HeadlessModelOpener.openFromModel(HeadlessModelOpener.scala:50)
    at org.nlogo.headless.HeadlessWorkspace.openModel(HeadlessWorkspace.scala:539)
    at org.nlogo.headless.HeadlessWorkspace.open(HeadlessWorkspace.scala:506)
    at org.nlogo.headless.Main$.newWorkspace$1(Main.scala:18)
    at org.nlogo.headless.Main$.runExperiment(Main.scala:21)
    at org.nlogo.headless.Main$.$anonfun$main$1(Main.scala:12)
    at org.nlogo.headless.Main$.$anonfun$main$1$adapted(Main.scala:12)
    at scala.Option.foreach(Option.scala:274)
    at org.nlogo.headless.Main$.main(Main.scala:12)
    at org.nlogo.headless.Main.main(Main.scala)
java r
Martin Hope
Ryan
Asked: 2019-08-07 16:09:50 +0800 CST
  • 6

每次我尝试使用 R 3.6.1 中的 install_github 功能时，我都会收到此 HTTP 错误 404 错误消息。有任何想法吗？

install_github("maxmind/libmaxminddb")
Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
  HTTP error 404.
  Not Found
r
Martin Hope
bretauv
Asked: 2019-06-13 10:13:04 +0800 CST
  • 5

我希望我在这个问题的正确位置。

我用 R Shiny 编写了一个 Shiny App，但是当我想在外部窗口中运行该应用程序时，KIOExec 显示一条错误消息（法语）：“Un dossier nommé /home/myname/.cache/kioexec/krun/28025_0 / existe déjà”，英文基本上是：“名为 /home/myname/.cache/kioexec/krun/28025_0/ 的文件夹已经存在”。

我的笔记本电脑运行 Kubuntu 18.04.02 LTS，也许这对解决这个问题很重要。

现在，我试着进入 /home/myname/.cache/kioexec/krun/ ，似乎有大约 40 个文件夹，很多是空的，但其他的不是，所以我不想在不知道它们是什么的情况下删除所有这些文件夹是。

有人有解决办法吗？

r kubuntu
Martin Hope
Ben
Asked: 2019-04-12 08:02:37 +0800 CST
  • 1

我有 Rmarkdown 代码可以正常运行而不会错误编织到 HTML，但是在尝试编织为 Word 文档后，我无法编织任何保存在网络驱动器上的 Rmarkdown 文件。如果我将 Rmarkdown 文件保存到本地驱动器，则不会出现编织问题。

编织到网络驱动器时出现的错误是：

C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --输出测试.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --variable toc_float=1 --variable toc_selectors=h1,h2,h3 --variable toc_collapsed=1 - -变量 toc_smooth_scroll=1 --变量 toc_print=1 --template "C:\PROGRA~1\R\R-35~1.1\library\RMARKD~1\rmd\h\DEFAUL~1.HTM" --no- highlight --variable highlightjs=1 --variable "theme:cerulean" --include-in-header "C:\Users\bcohen\AppData\Local\Temp\RtmpohSxZZ\rmarkdown-str2a8871fc2471.html" --mathjax --variable “mathjax-url：https ://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML“ pandoc.exe: test.utf8.md: openBinaryFile: 不存在（没有这样的文件或目录）错误：pandoc 文档转换失败，错误 1 ​​执行暂停

我在这里和这里使用了@Yihui 的建议，但无济于事。

我也完成了 Rstudio 的完全卸载和重新安装。问题仍然存在。

会话信息：

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.5.1   htmltools_0.3.6  tools_3.5.1      yaml_2.2.0               Rcpp_1.0.1       rmarkdown_1.12.5
 [7] knitr_1.22       xfun_0.6         digest_0.6.18    evaluate_0.13

感谢您提供的任何帮助！

r pandoc rstudio