如何在奇点内运行 conda 命令？

好的，从顶部开始，尝试从 Dockerfile 构建映像会导致：

PackagesNotFoundError：当前频道不提供以下软件包：

• q2模板

我将继续假设您打算安装q2templates.

在编写 Dockerfile 时，您应该以尽可能少的层数和尽可能小的最终图像为目标。

为此，您应该遵循一些规则：

1. 切勿RUN一个接一个地使用多个指令。
2. 始终删除所有缓存、安装程序和其他不必要的文件。
3. 不要安装非绝对必要的东西。
4. 不要创建任何文件的相同副本 - 改用符号或硬链接。

在您的情况下，所有 4 条规则都被打破 - 您有 3RUN条指令一个接一个，安装 Python 3.8 两次（一次作为系统包，一次使用 Miniconda），安装后不执行任何清理并将脚本复制conda到另一个目录。

现在我们可以讨论 Docker-Singularity 的兼容性。

Docker 容器内的进程默认以 user 身份运行root。这意味着$HOME 设置为/root，因此 Miniconda 安装到/root/miniconda3- 换句话说，在 root 的主目录中，只有 root 可以访问，即使里面的文件有a+rx 权限。

Singularity 容器内的进程作为用户执行的命令运行singularity。

这意味着您必须在其他地方安装 Miniconda/root并更改其安装目录的权限以允许每个人都可以访问：

./Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3
chmod --recursive a+rw /opt/miniconda3

所以决赛Dockerfile是：

FROM ubuntu:20.04

ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt-get update && \
    apt-get install -y \
    apt-utils \
    wget=1.20.3-1ubuntu1 \
    git=1:2.25.1-1ubuntu3 && \
    apt-get clean && \
    rm -rf rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh && \
    chmod +x Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh && \
    ./Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3 && \
    ln -s /opt/miniconda3/bin/conda /usr/bin/conda && \
    wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && \
    conda env create -n qiime2-2020.8 --file qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && \
    conda install -y -n qiime2-2020.8 -c conda-forge -c bioconda -c qiime2 -c defaults q2cli q2templates q2-types q2-feature-table q2-metadata vsearch snakemake && \
    chmod --recursive a+rw /opt/miniconda3 && \
    apt-get clean && \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm /qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && \
    rm /Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh

CMD ["/bin/bash"]

这样您singularity exec ~/dockerimage.sif conda就可以工作并显示 conda 的使用情况。不幸的是，如果您尝试执行其他一些命令，例如。 singularity exec ~/dockerimage.sif conda run python -v您将收到类似于以下内容的错误：

OSError：[Errno 30] 只读文件系统：'/opt/miniconda3/.tmp58csqy_a'

因为 Singularity 容器是不可变的，除了挂载的目录。

此外singularity exec ~/dockerimage.sif conda activate qiime2-2020.8将失败：

CommandNotFoundError：您的 shell 未正确配置为使用“conda activate”。要初始化你的 shell，运行

$ conda init <SHELL_NAME>

目前支持的 shell 有：

• 重击
• 鱼
• tcsh
• 呸呸呸
• zsh
• 电源外壳

有关更多信息和选项，请参阅“conda init --help”。

重要提示：您可能需要在运行“conda init”后关闭并重新启动 shell。

即使您已正确修改设置您的外壳（用 Bash 测试）。

我设法使它工作的唯一方法是运行：

singularity shell ~/dockerimage.sif

然后在容器内

conda init # Modifies .bashrc on your host machine
source .bashrc # Loads modified .bashrc
export LC_ALL=C.UTF-8 # Sets locale to UTF-8
export LANG=C.UTF-8 # Sets locale to UTF-8
conda activate qiime2-2020.8 # Activates the environment

链接：

GitHub 上的 Dockerfile Docker Hub上的图像（使用 tag latest，其他可能不起作用）

您可以查看此文件以了解我在构建期间如何运行 conda，以及有关我在运行期间如何使用 conda 的包装脚本。

在 2020 年 11 月撰写本文时，还有更多conda activate <env_name>信息是错误的命令。更好的命令是source activate <env_name>. 我必须查看源代码才能弄清楚。