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miguelmorin
Asked: 2019-05-30 08:57:12 +0800 CST

通过 SSH 激活 conda 环境

  • 772

我在 Azure 上有一个虚拟机，在 ssh 之后我可以运行 Conda 和 python：

conda activate py36
python some_script.py

要通过 SSH 从我的机器运行这些命令，我​​需要提供 Conda 的完整路径：

ssh ${USER}@${IP} "/data/anaconda/envs/py35/bin/conda activate py36; python some_script.py"

但我收到此错误：

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

然而，运行的 shell 是bash：

$ sshb ${USER}@${IP} echo $SHELL
/bin/bash

如何通过 SSH 远程激活 conda 环境？

ssh shell

4 个回答

  1. Best Answer

    编辑：在解决这个问题的过程中，我发现conda init创建了一个名为“conda”的函数，该函数伪装了 conda 可执行文件。看type conda。这允许它在当前 shell 中设置环境变量。这很重要，因为它会导致问题。

    当您通过 ssh 运行命令时，它不会运行设置此condabash 函数的 ~/.bashrc。

    所以我给你的最后答案是

    ssh ${USER}@${IP} ". ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py"

    . ~/.bashrc如果您之前已经运行过，只需获取提供 conda 功能的 ~/.bashrc 即可conda init。

    旧答案

    我建议你用激活和 python 代码制作一个 shell 脚本

    # job.sh
conda activate py36
python some_script.py

    使可运行chmod +x job.sh

    然后使用以下命令远程运行：

    ssh ${USER}@${IP} bash -l "<relative path to script on remote machine>"

    bash -l使它成为一个登录外壳，它还允许您使用您的.bash_profileor .bashrc，这意味着您不需要提供完整路径。

    如果您绝对需要单个命令，请使用heredoc。

    ssh ${USER}@${IP} bash -l <<HERE
conda activate py36
python some_script.py
HERE

    我也尝试了其他方法，但 bash 跨命令分离保留环境变化的方式似乎存在一些问题。Conda 激活设置各种环境变量（以 CONDA 和 PATH 变量为前缀）。

    • 6

  2. 它不是指定“conda”的路径，而是像这样指定“激活”的路径：

    ssh [host] "source ~/anaconda3/bin/activate [name of conda env] ; cd [pick a dir] ; [command]"

    对于 [command] 尝试“conda env list”以查看激活了哪个环境。或者你可以做“python foo.py”。

    您可能需要调整路径“~/anaconda3/bin/activate”。

    • 3

  3. 从这个问题拼凑起来，我设法通过将这些行添加到我的来解决问题.bashrc：

    export -f conda 
export -f __conda_activate 
export -f __conda_reactivate 
export -f __conda_hashr 
export -f __add_sys_prefix_to_path 
eval "$(conda shell.bash hook)"

    我不确定解决方案export是否仍然需要 s，eval但它们没有破坏任何东西，所以我只是保留了它们。

    编辑：同样重要的是要记住，任何conda以某种方式使用的脚本都需要使用bash而不是 sh运行。

    • 1

  4. 只是@Maeve Kennedy 回答的补充。不要使用双引号，最好使用如下所示的单引号

    ssh ${USER}@${IP} '. ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py'

    它允许您在远程激活 conda 环境后执行任何 bash 命令。像下面这样的东西；

    ssh ${USER}@${IP} '. ~/.bashrc ; conda activate py36; echo $CONDA_PATH'

    用双引号是行不通的。

    • 0

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