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Achim Zeileis
Asked: 2025-04-27 07:53:18 +0800 CST

在 setTimeLimit 之后，knitr 中的接收器未关闭

  • 772

概述：我正在使用knitr处理大量 R/Markdown 文件（实际上更确切地说是R/考试setTimeLimit()练习），其中一些文件需要很长时间才能完成。因此，我想为此设置一个时间限制，可以通过R 基础版来实现。然而，在某些情况下，这可能会导致未关闭的sink()，请参阅下面可复现的示例。

问：我能做些什么来避免这种情况？这是 R 的一个 bug knitr（或者是它的依赖项之一，例如 R 的 bug evaluate）吗？还是 R 的基础版本？

示例：我设置了一个最小文件timeout.Rmd，它计算答案 42，等待 2 秒，然后将其插入到 Markdown 输出中。

writeLines("
```{r}
ans <- 6 * 7
Sys.sleep(2)
```

Answer: `r ans`
", "timeout.Rmd")

然后，我将时间限制设置为 1 秒。

setTimeLimit(elapsed = 1)

之后，在代码块上运行knitr文件timeout.Rmd失败{r}（正如预期的那样）：

knitr::knit("timeout.Rmd")
## 
## processing file: timeout.Rmd
##   |...................................                 |  67% [unnamed-chunk-1]
## 
## Error in `remove_hooks()`:
## ! reached elapsed time limit
## Backtrace:
##      ▆
##   1. ├─knitr::knit("timeout.Rmd")
##   2. │ └─knitr:::process_file(text, output)
##   3. │   ├─xfun:::handle_error(...)
##   4. │   ├─base::withCallingHandlers(...)
##   5. │   └─knitr:::process_group(group)
##   6. │     └─knitr:::call_block(x)
##   7. │       └─knitr:::block_exec(params)
##   8. │         └─knitr:::eng_r(options)
##   9. │           ├─knitr:::in_input_dir(...)
##  10. │           │ └─knitr:::in_dir(input_dir(), expr)
##  11. │           └─knitr (local) evaluate(...)
##  12. │             └─evaluate::evaluate(...)
##  13. │               └─evaluate (local) `<fn>`()
##  14. └─evaluate::remove_hooks(hook_list)
## 
## Quitting from timeout.Rmd:2-5 [unnamed-chunk-1]

失败之后，一切仍然正常，我们可以得到如下打印输出：

print(1)
## [1] 1

但在开启新的情节后，例如

plot(1)

我们不再获得打印输出

print(1)

因为现在有一个打开的窗口sink()可以捕获所有打印输出。只有关闭它之后，打印才能恢复正常

sink()
print(1)
## [1] 1

我能够在几台运行 R 4.5.0 或 4.4.x 的 Linux 机器上直接在 shell 中复现此问题。 (在 RStudio 中，由于某种原因，超时似乎没有被捕获。)

1 个回答

  1. Best Answer

    我认为问题在于它evaluate()设置了多个钩子来捕获绘图输出，并在发生超时错误时尝试移除它们。然而，移除失败了，所以这些钩子仍然保留在原处，下次尝试绘图时，其中一个钩子会被激活。

    这是设置钩子的代码：

    https://github.com/r-lib/evaluate/blob/ec9ca4e2e4fa0b7c7ccf9f9d11be19a163478ab7/R/graphics.R#L1-L9

    defer()为什么删除会失败？设置 on.exit 处理程序的代码看起来有点棘手：它on.exit()在执行设置的函数之外的另一个函数上设置了处理程序。我猜时间限制代码与此不太兼容。我不确定这是 R 还是评估程序中的错误。

    您可以通过以下代码自行删除钩子来解决此问题：

    setHook("persp", NULL, "replace")
setHook("before.plot.new", NULL, "replace")
setHook("before.grid.newpage", NULL, "replace")

    这是一个相当严厉的做法，因此可能会导致其他问题。

    • 4

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