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Rea Kalampaliki
Asked: 2025-04-24 03:19:35 +0800 CST

Nextflow：在流程执行期间未找到自定义模块中的 Python 脚本

  • 772

我正在开发一个使用自定义模块的 Nextflow 管道。该模块包含一个script_1.py位于嵌套文件夹 中的 Python 脚本 ( ) <module-dir>/resources/usr/bin。script_1.py已设置为可执行文件，并且已在文件中nextflow.enable.moduleBinaries设置为。但是，当我尝试运行该管道时，出现找不到 Python 脚本的错误。true./nextflow.config

模块目录结构

modules/
└── local/
    └── mymodule/
        ├── environment.yml
        ├── main.nf
        ├── resources/
        │   └── usr/
        │       └── bin/
        │           └── script_1.py
        └── work/

错误信息

这是我在运行管道时遇到的错误：

Caused by:
  Process `MyProcess (1)` terminated with an error exit status (2)

Command executed:

  python script_1.py

  cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
      "MyProcess":
          python: $(python --version 2>&1 | sed 's/Python //g')
  END_VERSIONS

Command exit status:
  2

Command output:
  (empty)

Command error:
  python: can't open file 'script_1.py': [Errno 2] No such file or directory

我尝试过

在我的 中main.nf，我有以下内容：

#!/usr/bin/env nextflow

include { MyProcess } from './modules/local/mymodule/main.nf'

在我的 中./modules/local/mymodule/main.nf，我有以下内容：

#!/usr/bin/env nextflow

process MyProcess{
    conda "${moduleDir}/environment.yml"

    input:
    path(input_folder)
    
    output:
    path("data.csv")
    path "versions.yml"                , emit: versions

    script:
    """
    python script_1.py ${input_folder}

cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
    "${task.process}":
        python: \$(python --version 2>&1 | sed 's/Python //g')
    END_VERSIONS
    """ 
    
}

但script_1.py始终找不到，并且过程失败。

我的问题

这是在 Nextflow 管道中的模块中引用此类脚本的正确方法吗？

module

1 个回答

  1. Best Answer

    我怀疑这是因为您没有像文档中建议的那样将 python 脚本视为二进制文件。

    使用python script_1.py，它告诉进程使用 Python 在本地查找脚本，而不是将脚本作为二进制文件调用。相反，您应该使用 将脚本视为二进制文件script_1.py，但要确保脚本中的 shebang 指向正确的解释器。

    我通常直接将脚本作为值通道读取，因为这样更方便，而且你不需要在 GCP/AWS 上使用 wave-containers，所以这个答案只是我对文档的解读。希望它能有效。

    • 1

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