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Asked: 2024-11-08 17:54:25 +0800 CST

从 R 中的 yaml 中删除空元素

  • 772

我想从 R 中的 YAML 中删除一些空元素。空元素可以像[]在 yaml 中一样显示。我找到了ymlthis带有该 yml_discard(~is_yml_blank(.x))选项的包。这应该会从 yaml 中删除空元素，但这不起作用。这是一个可重现的示例：

library(yaml)
library(ymlthis)
z <- yaml.load(
  "tree:
  format: newick
tracks:
  - class: colorstrip
    rel_height: []
    title: ")

y <- as.yaml(z)

y |>
  yml_discard(~is_yml_blank(.x))
#> ---
#> tree:
#>   format: newick
#> tracks:
#> - class: colorstrip
#>   rel_height: []
#>   title: null
#> ---

创建于 2024-11-08，使用reprex v2.1.1

如您所见，它不会删除空值。我的预期输出应如下所示：

#> ---
#> tree:
#>   format: newick
#> tracks:
#> - class: colorstrip
#> ---

预期输出显示应删除没有值的元素。所以我想知道是否有人知道如何在 R 中删除 YAML 文件中的空元素？

3 个回答

  1. Best Answer

    使用z（一棵树，或者用 R 术语来说，任意深度嵌套列表）似乎比y使用 （字符串（或长度为 1 的字符向量））更容易。例如，使用rrapply::rapply()修剪 中的任何空元素z，然后转换为 yaml 字符串：

    rrapply::rrapply(z, \(x) !is.null(x), how = "prune") |>
    as.yaml()

    返回：

    tree:
  format: newick
tracks:
- class: colorstrip
    • 4

  2. 我们purrr也可以选择modify_tree()+ compact()：

    library(yaml)
library(purrr)

z <- yaml.load(
  "tree:
  format: newick
tracks:
  - class: colorstrip
    rel_height: []
    title: ")

modify_tree(z, post = compact) |> 
  as.yaml() |> 
  cat()
#> tree:
#>   format: newick
#> tracks:
#> - class: colorstrip

    创建于 2024-11-08，使用reprex v2.1.1

    • 4

  3. 您需要遍历列表的每一层

    yml_discard()仅考虑 yaml 的顶层。要执行所需的操作，您需要遍历列表的深度，并在遍历过程中丢弃空项。我们可以使用该purrr库来实现这一点。

    顺便说一句，这个例子不需要yaml库 - 您可以直接在文本中读取ymlthis::as_yml()：

    library(ymlthis)
library(purrr)

y <- ymlthis::as_yml(
"tree:
  format: newick
tracks:
  class: colorstrip
  rel_height: []
  title: ")

    如上所述，yml_discard()仅考虑 yaml 的顶层：

    ## Iterates over first level:
y |>
  yml_discard(~ length(.x) > 1)
#> ---
#> tree:
#>   format: newick
#> ---

    创建自调用函数

    drop_all_empty()是删除列表顶层所有零长度项的函数，然后将自身应用于列表内所有剩余列表。非列表项将直接返回。

    ## Iterative dropping of empty values

drop_all_empty <- function(x){
    
  ## Discard any empty values
    discard(x, \(z) length(z) < 1) |> 
      ## Then, for every remaining list item:
      map(
        \(a){
          ## If it's a list, 'go round again' with this function
          if(is.list(a)) drop_all_empty(a)

          ## if it's not a list, return it
          else a
        })
}

    最后，因为的输出drop_all_empty()将是一个列表，我们可以创建一个小包装器，将列表转换回 yaml：

    drop_empty_yaml <- function(x){
  drop_all_empty(x) |> 
    as_yml()
}

# presto!
drop_empty_yaml(y)
#> ---
#> tree:
#>   format:
#>   - newick
#> tracks:
#>   class:
#>   - colorstrip
#> ---

    创建于 2024-11-08，使用reprex v2.1.1

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