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GuedesBF
Asked: 2024-07-07 07:59:54 +0800 CST

将变量分组到 tbl_summary() 中的顶层变量中

  • 772

我想在 tbl_summary 调用中手动设置变量组。一组变量应该单独报告，也可以作为一个组报告。如果我有一个逻辑变量apple和一个逻辑变量banana，我想报告apple和的频率banana，但也报告的频率fruits。

请参阅下面的示例，其中的数据改编自 dplyr::starwars。为了方便发布，我在此示例中包含了普通的 markdown 表（而不是实际的 tbl_summary 渲染表），但我相信这些表很好地解释了我的问题。

示例数据

library(dplyr)
data <-
    starwars |> 
    slice_head(n=20) |> 
    select(gender, sex, eye_color, skin_color, species) |> 
    mutate(male_sex = sex == "male",
           masculine_gender = gender == "masculine",
           human_species = species == "Human",
           blue_eyes = eye_color == "blue",
           light_skin = skin_color == "light",
           .keep = "unused") |> 
    {\(x) filter(x, complete.cases(x))}()  

head(data)
# A tibble: 6 × 5
  male_sex masculine_gender human_species blue_eyes light_skin
  <lgl>    <lgl>            <lgl>         <lgl>     <lgl>     
1 TRUE     TRUE             TRUE          TRUE      FALSE     
2 FALSE    TRUE             FALSE         FALSE     FALSE     
3 FALSE    TRUE             FALSE         FALSE     FALSE     
4 TRUE     TRUE             TRUE          FALSE     FALSE     
5 FALSE    FALSE            TRUE          FALSE     TRUE      
6 TRUE     TRUE             TRUE          TRUE      TRUE

带有原始数据的 Vanilla tbl_summary() 输出

tbl_summary(data)
特征 数量 = 191
男性性别 13（68％）
男性性别 17（89％）
人类物种 12（63％）
蓝眼睛 6（32％）
light_skin 4（21％）

最终的表格应该是这样的（注意层次缩进/偏移）：

特征 数量 = 191
任何事情 19（100％）
  男性或阳性 17（89％）
    男性性别 13（68％）
    男性性别 17（89％）
  人类物种 12（63％）
  蓝色或浅色 8（42％）
    蓝眼睛 6（32％）
    light_skin 4（21％）

我可以通过一些上游数据操作和常规 markdown 表的手动编辑来创建上面的表格。但是，我想知道 gtsummary 中是否有针对此类分组策略的某种解决方案。如果我应该坚持预处理数据，那么我该如何创建分层缩进？

重现所需表格的代码（无缩进）：

data |> 
    mutate(male_or_masculine = if_any(c(male_sex, masculine_gender)),
           .before = male_sex) |> 
    mutate(blue_or_light = if_any(c(blue_eyes, light_skin)),
           .before = blue_eyes) |> 
    mutate(anything_at_all = if_any(male_sex:light_skin),
           .before = everything()) |> 
    tbl_summary()

1 个回答

  1. Best Answer

    我认为该功能bstfun::add_variable_grouping()可以满足您的需要。

    https://mskcc-epi-bio.github.io/bstfun/reference/add_variable_grouping.html

    set.seed(11234)
add_variable_grouping_ex1 <-
  data.frame(
    race_asian = sample(c(TRUE, FALSE), 20, replace = TRUE),
    race_black = sample(c(TRUE, FALSE), 20, replace = TRUE),
    race_white = sample(c(TRUE, FALSE), 20, replace = TRUE),
    age = rnorm(20, mean = 50, sd = 10)
  ) %>%
  gtsummary::tbl_summary(
    label = list(race_asian = "Asian",
                 race_black = "Black",
                 race_white = "White",
                 age = "Age")
  ) %>%
  add_variable_grouping(
    "Race (check all that apply)" = c("race_asian", "race_black", "race_white")
  )

    在此处输入图片描述

    以问题中的例子来说：

    data |> 
    tbl_summary() |> 
    bstfun::add_variable_grouping("male_or_masculine" = c("male_sex",
                                                          "masculine_gender"),
                                  "blue_or_light" = c("blue_eyes", 
                                                      "light_skin"))

    在此处输入图片描述

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