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Matteo
Asked: 2025-04-13 20:51:02 +0800 CST

如何将环境变量传递给 singularity exec

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我有一条BASH管道，它在某个时刻运行一个具有奇点执行的Singularity容器，如下所示：

singularity exec --bind `pwd`:/folder --bind $d:/results <image>.sif <tool_command> -i /folder/<file>.fastq -v /results/<output>/<file>.vcf -r /folder/<reference>.fna -s <vcf_sample_name> -j 24 -t 24 -o /results/<output_file_suffix>

由于我使用数组同时运行多个实验，因此我正在使用希望添加到的环境变量重新定义实验<output_file_suffix>；它适用于管道的所有步骤，但Singularity似乎无法看到我在脚本中定义的变量......

有人能提供一些建议吗？我查了一下，但--env似乎行不通。提前谢谢！

bash

1 个回答

  1. Best Answer

    Singularity 的核心在于它在容器内运行软件。容器与其主机隔离，因此它在任何地方都能正常工作。容器的行为不依赖于主机上安装的软件、主机上可用的文件或主机上的环境变量。

    传递到可使主机上的特定目录在容器内可访问。类似地，使用可使环境变量在容器内可访问。操作略有不同，因为值不必与主机相同。要使环境变量的值与主机相同，在从 Shell 脚本调用 singularity 时，请使用。请注意值周围的双引号，否则，如果值包含空格或其他特殊字符，它将不起作用。--bind HOST_PATH:CONTAINER_PATHsingularity exec--env NAME=VALUE--env FOO="$FOO"

    Singularity 命令行的文档比较少。Singularity 封装了 Docker，有时你可以在其文档中找到更多信息，例如singularity exec --env类似于docker run --env，Docker 文档提供了更多信息。但需要注意的是，Singularity 并非直接封装 Docker，因此并非所有 Docker 选项都以相同的方式存在或运行。

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