como passar variáveis ​​de ambiente para singularity exec

O objetivo do Singularity é executar software dentro de um contêiner. O contêiner é isolado do seu host, de modo que funciona da mesma forma em todos os lugares. O comportamento do contêiner não depende de fatores como o software instalado no host, os arquivos disponíveis no host ou as variáveis ​​de ambiente no host.

Use " to " para tornar um diretório específico do host acessível dentro do contêiner. De forma semelhante, use " para" para tornar uma variável de ambiente acessível dentro do contêiner. O processo é um pouco diferente, pois o valor não precisa ser o mesmo do host. Para atribuir a uma variável de ambiente o mesmo valor do host, ao invocar o singularity a partir de um script de shell, use " . Observe as aspas duplas ao redor do valor; caso contrário, não funcionará se o valor contiver espaços ou outros caracteres especiais .--bind HOST_PATH:CONTAINER_PATHsingularity exec--env NAME=VALUE--env FOO="$FOO"

A documentação da linha de comando do Singularity é um pouco escassa. O Singularity envolve o Docker e, às vezes, você pode encontrar mais informações em sua documentação. Por exemplo, singularity exec --envé semelhante ao Docker docker run --enve a documentação do Docker contém mais informações. Mas esteja ciente de que o Singularity não é um wrapper direto, portanto, nem todas as opções do Docker existem ou se comportam da mesma maneira.