Mover/marcar arquivos e a parte associada também

Com bashe sua expansão de parâmetros :

for i in *.mkv; do
  [[ -e "${i%.*}.md5" ]] && echo mv -v -- "$i" "${i%.*}.md5" mkvandmd5;
done

Saída:

mv -v 123.mkv 123.md5 mkvandmd5
mv -v abc.mkv abc.md5 mkvandmd5
mv -v dde.mkv dde.md5 mkvandmd5
mv -v xxy.mkv xxy.md5 mkvandmd5

Remova echose a saída parecer boa.

Se você quer mover o *.mkvarquivo que tem um .md5arquivo correspondente (assim como esse .md5arquivo), em zsh, você pode fazer:

mv -- *.mkv(e['md5=$REPLY:r.md5; [ -e $md5 ] && reply=($REPLY $md5)']) mkvandmd5/

Se sempre houver um .mkvfor each .md5, isso pode ser simplificado para:

mv -- *.md5(e['reply=($REPLY:r.mkv $REPLY)']) mkvandmd5/

Ou:

(){mv -- $@ $^@:r.mkv mkvandmd5/} *.md5

Com bash(também funcionaria em zsh ou yash se você substituísse shopt -s nullglobpor set -o nullglobe ${#files[@]}por ${files[#]}em yash), você poderia fazer:

(
  shopt -s nullglob
  files=()
  for file in *.mkv; do
    md5=${file%.*}.md5
    if [ -e "$md5" ]; then
      files+=( "$file" "$md5" )
    fi
  done
  if [ "${#files[@]}" -gt 0 ]; then
    exec mv -- "${files[@]}" mkvandmd5/
  else
    echo>&2 No match; exit 1
  fi
)

Ou se sempre há um .mkvpara cada .md5:

(
  shopt -s failglob; shopt -u nullglob
  set -- *.md5 &&
    mv -- "$@" "${@/%.md5/.mkv}" mkvandmd5/
)

Use esta frase de efeito, que utiliza finde xargs:

find . -maxdepth 1 -mindepth 1 -name '*.mkv' | xargs -I{} basename {} .mkv | xargs -I{} mv -- {}.mkv {}.md5 dest_dir/

Detalhes:

find . -maxdepth 1 -mindepth 1 -name '*.mkv': Encontra todos os arquivos no diretório atual .mkv.
xargs -I{} basename {} .mkv: Remove .mkva extensão (e o nome do diretório, mas isso é irrelevante aqui) dos nomes de arquivo, deixando apenas o nome base.
xargs -I{} mv {}.mkv {}.md5 dest_dir/: Move os arquivos com este nome base, extensões .mkve .md5para o diretório dest_dir/.

Você pode tentar usar um script completo usando uma matriz mais alguma expansão de parâmetro

#!/usr/bin/env bash

pairs=()
destination=MkvAndMd5/

##: See https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/004
shopt -s nullglob
hash=(*.md5)
movie=(*.mkv)
shopt -u nullglob

(( ${#hash[*]} && ${#movie[*]} )) || {
  printf 'Missing file(s): no .mkv files, .md5 files, or both.\n' >&2
  exit 1
}

##: Loop through the files ending in .mkv and .md5
for i in "${!hash[@]}"; do
  if [[ "${movie[i]%.*}" == "${hash[i]%.*}" ]]; then  ##: If the file name matches.
    pairs+=("${movie[i]}" "${hash[i]}")               ##: Save them in an array named pairs.
  fi
done

##: If there are no match found (array is empty), Print a message and exit.
(( ${#pairs[*]} )) || {
  printf 'File names for .mkv and .md5 does not match!\n' >&2
  exit 1
}

echo mkdir -pv "$destination" || exit           ##: Create the "$destination" directory.
echo mv -v -- "${pairs[@]}" "$destination" || exit ##: Move the file names that matches at the destination directory

• Remova echose/quando estiver satisfeito com a saída.

• Ver

  • http://mywiki.wooledge.org/BashSheet#Arrays
  • http://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/005
  • http://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/073

A chave para resolver esse problema é gerar uma lista de arquivos que exclua entradas de nomes base exclusivos.

Aqui está um método com um comando e sua saída — seguido de uma explicação:

$ grep -Ff <(cut -d. -f1 input.txt | sort | uniq -D) input.txt 
123.md5
123.mkv
abc.md5
abc.mkv
dde.md5
dde.mkv
xxy.md5
xxy.mkv

Explicação:

• corte por campo (com . como separador) para remover extensões
• classificar a lista resultante
• use o comando uniq -D para gerar somente entradas duplicadas
• e finalmente alimente esta lista como um arquivo de padrão para uma operação grep (string fixa) na entrada original

Mover esses arquivos para o diretório de destino é uma tarefa trivial. Por exemplo:

mv *.md5 *.mkv mkvandmd5/

Ou você pode canalizar a saída para um comando while e mover os arquivos conforme eles são gerados, por exemplo:

while read -r file; do
    mv "$file" mkvandmd5/
done