Como criar a pasta `/run` e possivelmente subpastas?

Veja o Filesystem Hierarcy Standard em https://refspecs.linuxfoundation.org/fhs.shtml, ou leia man hier. Ele explica onde as coisas vão.

Sobre /runisso diz:

3.15. /run : Dados variáveis ​​de tempo de execução 3.15.1. Propósito Este diretório contém dados de informações do sistema descrevendo o sistema desde que ele foi inicializado. Arquivos sob este diretório devem ser limpos (removidos ou truncados conforme apropriado) no início do processo de inicialização.

Os propósitos deste diretório já foram atendidos por /var/run. Em geral, os programas podem continuar a usar /var/run para cumprir os requisitos definidos para /run para fins de compatibilidade com versões anteriores. Programas que migraram para usar /run devem cessar o uso de /var/run, exceto conforme observado na seção sobre /var/run.

Os programas podem ter um subdiretório de /run; isso é encorajado para programas que usam mais de um arquivo de tempo de execução. Os usuários também podem ter um subdiretório de /run, embora seja necessário ter cuidado para limitar adequadamente os direitos de acesso para evitar o uso não autorizado de /run em si e de outros subdiretórios

Então, sinta-se à vontade para criar /runsubdiretórios.

Depois de criar /run, talvez montando-o como um tmpfs,

# Or, create it on the `/` filesystem
sudo mkdir --mode=0777 /run
sudo mkdir --mode=0755 /run/users

e assim por diante.

Você pode criar vários subdiretórios de uma só vez, usando a expansão de shell:sudo mkdir --parents /run/users/{me,you,them}