VM QEMU em caixas

Não conheço muito bem as caixas do GNOME, acho que é um programa que simplifica demais o problema subjacente a ponto de perder o foco.

De qualquer forma, a maneira como você está executando a VM (simplesmente chamando qemua partir da linha de comando) certamente "registra" essa VM em lugar nenhum. Você gostaria de definir esta VM dentro dos limites do libvirtd, para que os frontends de virtualização possam "vê-lo" (não sei se as caixas do GNOME o farão - mas é o que eu presumo).

Então, a maneira mais direta seria… continuar fazendo isso e ignorar a existência de caixas GNOME e libvirtd?

A melhor coisa a fazer é provavelmente instalar o virt-manager; lá dentro, faça uma conexão com a "Sessão do usuário", adicione uma nova VM dentro desse contexto. Você pode selecionar seu armazenamento existente (o nome .imgem sua receita) ou configurar uma nova VM.

Se você quiser usar seu armazenamento atual, recomendo convertê-lo para um formato diferente e movê-lo para um local melhor; o que eu recomendo é que você execute antes de começar a configurar a nova VM:

mkdir -p ~/.local/share/libvirt/images
qemu-img convert -O qcow2 -f raw ~/.qemu/ghostbsd/ghostbsd.img  ~/.local/share/libvirt/images

se o virt-manager solicitar que você configure um novo pool, use ~/.local/share/libvirt/images como local.

Depois de configurar a VM e verificar se ela funciona virt-manager, você provavelmente também poderá vê-la nas caixas do GNOME. (Ou você usa o imho superior virt-manager, como preferir.)