Flatpack está instalando software, certo?
Exemplo: minha distribuição (baseada em Ubuntu) instalou atualizações do navegador Brave e Chrome hoje, nenhuma senha foi necessária.
Não é necessário sudo, ou de outra forma, acesso de administrador para fazer alterações no sistema?
Os dados por usuário estão localizados em
$HOME/.local/share/flatpak/, não são necessáriossudo. Uma das razões para usar o Flatpak é a instalação sem root: