Após atualizar para o Debian 12, arquivos duplicados em /lib/x86_64-linux-gnu/ e /usr/lib/x86_64-linux-gnu/

Acabei de atualizar meu sistema do Debian 11 para 12, seguindo este guia do cyberciti . Este sistema foi mantido atualizado por mais de 9 anos, então já passou por pelo menos 4 grandes atualizações (Debian 7 ou 8 a 12 hoje).

Durante a primeira execução do apt upgrade --without-new-pkgs, tive um erro libudev(infelizmente esqueci de manter a saída do comando), que consertei removendo 2 arquivos:

$ rm /lib/x86_64-linux-gnu/libudev.so.1 /lib/x86_64-linux-gnu/libudev.so.1.6.5

Consegui terminar a atualização e reiniciar.

Ao realizar uma investigação mais aprofundada, parece que meu sistema tem algumas outras bibliotecas duplicadas:

$ dpkg --search /lib/x86_64-linux-gnu/perl/ /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/
dpkg-query: no path found matching pattern /lib/x86_64-linux-gnu/perl/
libperl5.36:amd64: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl

Parece que esses diretórios não são links simbólicos:

$ ls -ld /lib/ /lib/x86_64-linux-gnu/ /usr/ /usr/lib/ /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
drwxr-xr-x 84 root root 4.0K Jul  5 21:05 /lib//
drwxr-xr-x 78 root root  96K Jul  5 21:05 /lib/x86_64-linux-gnu//
drwxr-xr-x 12 root root 4.0K Jul  5 20:32 /usr//
drwxr-xr-x 84 root root 4.0K Jul  5 21:05 /usr/lib//
drwxr-xr-x 78 root root  96K Jul  5 21:05 /usr/lib/x86_64-linux-gnu//

Eu já tive um problema muito semelhante antes: Não é possível restaurar o systemd após a atualização do Debian 10 para 11: “símbolo indefinido: seccomp_api_get”

Aqui estão as perguntas:

1. É normal ter bibliotecas duplicadas /lib/x86_64-linux-gnu/e/usr/lib/x86_64-linux-gnu/
2. Posso confiar na saída dpkg --searche excluir os caminhos exibidos no path found …? Ou alguma ferramenta pode me ajudar a limpar essa bagunça?
3. Quais eventos no meu sistema poderiam ter tornado isso possível?

Atualização: na verdade, parece que 2 diretórios são idênticos:

$ ls -lh /lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore /usr/lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore
ls: cannot access '/lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore': No such file or directory
ls: cannot access '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore': No such file or directory
$ touch /lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore
$ ls -lh /lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore /usr/lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore
-rw-r--r-- 1 root root 0 Jul  5 22:14 /lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore
-rw-r--r-- 1 root root 0 Jul  5 22:14 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/test.ignore

Mas não entendo como funciona. E agora eu sei que não devo excluir arquivos /lib/x86_64-linux-gnu/porque isso também excluiria arquivos /usr/lib/x86_64-linux-gnu/.