Como informar ao Windows que algo foi feito?

A maneira tradicional de lidar com isso, independentemente do sistema operacional de cada lado, é fazer o upload de um arquivo marcador para indicar que o upload foi concluído. O lado de upload carrega todos os seus arquivos e, quando terminar, carrega um arquivo com uma convenção de nomenclatura específica para indicar que há algo para o lado de recebimento processar. O lado receptor apenas observa os arquivos de marcadores.

Não acho que você esteja falando sobre "informar o Windows", acho que está falando sobre "informar algum processo/serviço/trabalho em execução no Windows", o que significa não apenas que você pode usar arquivos de marcadores ou criar um arquivo de marcadores antes para carregá-lo e excluí-lo depois ou qualquer combinação deles, você pode simplesmente enviar uma mensagem de rede usando qualquer protocolo de rede disponível, incluindo TCP/IP, UDP, ICMP ou qualquer coisa assim.

O que funcionou bem para mim no passado é fazer upload de arquivos com um .tmpsufixo e, em seguida, fazer com que o remetente os renomeie com o sufixo correto na transferência bem-sucedida. O receptor ignora completamente .tmpos arquivos (exceto, talvez, para excluí-los, se tiverem alguns dias).

Isso garante que os arquivos pareçam chegar instantaneamente e completos.

Windows, Mac, Linux, UNIX? Não importa, desde que o cliente e o servidor concordem com a mesma abordagem.