Tem flatpakuma opção de "limpeza" de desinstalação como apt?
Objetivo: desinstalar um aplicativo e todos os arquivos de configuração .
AskOverflow.Dev
Quando o flatpak remove um aplicativo, ele remove todo o diretório sandbox para que tudo relacionado ao aplicativo seja removido. Isso não inclui os arquivos de configuração do diretório inicial, é claro, mas o apt também não faz isso.