Por que esse loop while está saindo após a primeira iteração?

Eu tenho uma situação muito estranha ao tentar usar uma ferramenta específica ( efetchdo NCBI E-utilities suite) em um loop while. Este é meu arquivo de entrada, uma lista de strings, uma por linha:

$ cat transcripts.list 
NR_169596.1
NR_169595.1
NR_169594.1

Eu quero executar o efetchcomando usando cada uma dessas strings como um argumento, então eu faço:

$ while read -r line; do echo "Line: $line"; esearch -db nucleotide -query "$line"; done <  transcripts.list 
Line: NR_169596.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb689d20b59b3e2e2d405d</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>

Este é um resultado único, não três, como você pode ver pelo único echoque é executado. A mesma coisa funciona, no entanto, se eu usar um loop de prática ruim : for

$ for line in $(cat transcripts.list); do echo "Line: $line"; esearch -db nucleotide -query "$line"; done
Line: NR_169596.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cabbe98560233344a7</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>
Line: NR_169595.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cad05f5825d75e3ace</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>
Line: NR_169594.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cb6bdec5435b5a41cb</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>

Pergunta: Como isso é possível? Mesmo que haja algum tipo de bug no esearchprograma específico, isso não deve afetar o loop, então por que o shell está saindo após a primeira iteração? E como pode o fortrabalho e o whilefracasso? O que eles fazem de diferente aqui?

Mais alguns detalhes.

1. Adicionar um echona frente do comando esearch faz com que o loop se comporte como esperado, então isso deve estar relacionado ao esearchcomando específico (mas como isso pode quebrar o loop do shell?):

   $ while read -r line; do echo esearch -db nucleotide -query "$line"; done <  transcripts.list 
   esearch -db nucleotide -query NR_169596.1
   esearch -db nucleotide -query NR_169595.1
   esearch -db nucleotide -query NR_169594.1
   

2. Não há nada de estranho na própria lista, posso reproduzi-la com listas diferentes e não há caracteres ocultos:

   $ od -c transcripts.list 
   0000000   N   R   _   1   6   9   5   9   6   .   1  \n   N   R   _   1
   0000020   6   9   5   9   5   .   1  \n   N   R   _   1   6   9   5   9
   0000040   4   .   1  \n
   0000044
   

3. Eu recebo o mesmo comportamento em bash e dash, então não pode estar relacionado a coisas como PIPEFAIL ou algo assim. Em qualquer caso, o status de saída do comando é 0:

    while read -r line; do esearch -db nucleotide -query "$line"; echo "EXIT: $?"; done <  transcripts.list 
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb69e71191d1185543b24a</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   

4. Isso está acontecendo em um sistema rodando Ubuntu, bash, versão 4.4.20(1)-release. Você pode instalar a efetchferramenta com sudo apt install ncbi-entrez-direct, se quiser experimentar isso.

5. Funciona conforme o esperado em um loop usando um idioma diferente. Por exemplo, em perl:

   $ perl -ne 'chomp;system("esearch -db nucleotide -query \"$_\"")' transcripts.list 
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c68d8f66e4bb03f00e8</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c69947ca95fce4d4f0f</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c6a85c14642940393f9</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>